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请问单倍型分析一直显示错误怎么办

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老师，构建泛基因列表使用的vcf文件，是下面图中的sv数据吗，下面表格包括了CHROM，POS，REF，ALT，TYPE，MAF,MIS，ANN，将这些数据整理成vcf吗？

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命令无法运行

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想问一下泛基因集的构建，如果有相关参考文献有泛基因组的构建是不是我就不用学习这部分内容了；想问一下什么情况下才需要构建泛基因集？构建泛基因集的目的是什么？

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想问一下视频课程里的data内容换成自己的数据就行了嘛？

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GWAS分析的问题

  • John 2025-03-10 15:36
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第一张图片为smart，没有查询到结构域。第二张图片为interpro，共有135条序列，最后显示结果为118。图3为CDsearch查询结果，为135条。最终形成的新的IDlist是不是以interpro为准，118个ID

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泛基因家族成员选择压力分析中，构建的热图，很奇怪，我需要如何更改？

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请问单倍型分析时遇到这个报错应该怎么解决

  • 2025-01-15 13:57
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老师，我在做泛基因列表时，提取最长转录本都成功提取，但其中一个基因组一直无法提取cds，后来查看提取出的转录本格式一样，但有些内容可能与其他基因组不一样（下载数据时，这个基因组格式是gff3，其他为gff，提取最长转录本时我把他改为了gff），您那边是否可以帮忙修改这个基因组的gff文件，

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RNAseq有参转录组分析差异表达分析这一环节出现一些问题，ggplot版本问题

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老师，想用ka/ks值画一个热图，而不是筛选大于1的基因做热图，请问如何修改代码及脚本？

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老师，我看课程里有这一步，但没讲解后面的C是干什么的，也看不太清C前面上角那个符号是打的啥怎么打上去的

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老师，进行结构变异分析时得到了tsv数据，请问需要转变为vcf文件吗？如果需要的话如何转变呢？

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3 老师，在泛基因列表构建时，总共113个基因组，成功提取了最长转录本，提取bed文件，但提取cds文件时，有一个文件A10总是失败，不知道什么原因。

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请问您是如何找出是哪号样品的哪个染色体的相关文件有错误的呢

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老师，在泛基因列表构建时，总共113个基因组，成功提取了最长转录本，提取bed文件，但提取cds文件时，有一个文件A10总是失败，不知道什么原因。

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老师，结构变异的基因注释；建立注释库后，运行结果出错，如下图；提取结构变异信息时，我提取了一个样本的tsv的染色体，起始，终止，0，0；运行#注释的代码，生成的外显子文件为0；请问应该如何操作？PsbM是参考基因组，PsbF为一个样本

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重测序分析

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lefse分析细节