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泛基因家族分析，系统发育树构建

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请问现在T2T的组装，还需要先除掉和细胞器DNA相关的reads再进行组装吗？组学大讲堂的课里面除掉了相关的reads。但是我看现在的论文，似乎都没有对细胞器的DNA进行单独的处理。

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老师，图1是我用图2的代码实现的，现在我想仿照提取细胞亚类的方式，使用图3的代码单独提取TIP这个maker基因，不提取整个cluster3，这个代码可以实现吗，或者是否有其他代码可以使用

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老师，我要分析几个品种的基因表达量数据，在公共数据库大部分只有叶片组织的播种24天及以后的数据，我都选取播种24天的数据进行转录组分析可以么，另外我想以其中一个品种作为参考基因组，我是不是需要把这个基因组的fasta文件和gff文件建立索引，然后再分析这几个基因组的rnaseq数据，包括参考基因组的ranseq

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dadi

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请问我在做GWAS性状绘图时出现以下报错，我的数据格式该怎样修改，该如何解决？

  • Max 2025-09-15 11:20
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请问win11家庭版上刚开始基于hyper-v安装了docker，后来调整docker设置变成基于WSL2安装docker，然后请问这样可行吗？怎么使用？

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泛基因家族分析-SV和表达量

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泛基因家族分析-SV和表达量

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在基因家族筛过程CD-searcch结果中如果显示结构域N端C端或者NC端不完整，这个序列还能留做某一基因家族成员吗

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泛基因家族分析-SV和表达量

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运行完Cellranger之后，没看见pbmc-stim里面有out文件夹，然后我再次运行的时候，报错了

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#保留蛋白编码基因

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泛基因家族分析-SV和表达量

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泛基因家族分析-SV和基因表达量

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泛基因集执行命令时，由syn.txt文件到最后output.txt和final.last.gene.pair.txt文件生成时会丢失一些基因吗？我做自己的物种分析时发现丢失了一些基因，是什么原因？这正常吗

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PGGB泛基因组报错

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泛基因家族分析-SV和基因表达量

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泛基因家族分析-SV和表达量

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老师请问一下。我在练习基因组组装中因为磁盘空间不够想删除一些中间文件，查看了磁盘空间，请问应该删除哪一个并且如何删除呢

  • Nier 2025-10-11 10:37