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PGGB泛基因组报错

  • 图形泛基因组

partition-before-pggb -i pggb.input.genomes.fa -o output -n 4 -t 20 -p 90 -s 5000 -V 'zz13:1000'

显示Argument 'INT' received invalid value type '0.001'

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  • 分类:基因组学
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  • 李昂 提出于 2025-09-11 21:42

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  • 基于图形泛基因组文件call取sv的时候,运行命令nohup vg call new_index.giraffe.gbz -r new_index.snarls -k D23.pack -a -A -t 30 -s D23 > D23.vcf 2>call.o &,显示done,但生成的vcf文件里面没有变异位点,只有个头,如截图中所示。这种问题怎么解决呢? 1 回答
  • 让公司给构建好的图形泛基因组,只有vcf格式文件,要拿它作为参考去基于二代重测序的数据call snp,需要将vcf 文件转化成啥格式呢?转化后用什么软件去call snp 呢? 1 回答
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