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老师你好，我用全长序列进行比对构建进化树时，发现许多序列的长度长短不一，这样可以用吗？ 感谢老师答疑

  • 2025-04-03 10:41
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hisat2中提示"/work/my_rnaseq/ref/Gmax_508_v4.0.fa" does not exist

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老师，我研究的植物有人已经构建了泛基因组，用的从头组装比对的方式，我想问一下，如何利用他的数据做我的研究，我可以添加几个自己的物种进去吗，请老师给个研究思路

  • Oho 2025-03-27 10:25
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我的fasta文件是由scaffold组成的，不是直接的A01和C01之类的，然后我现在用现有的文件以Gapit方式跑曼哈顿图时报错，该怎么调整

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A基因家族的家族成员一共25个，但是23个成员是一个domain，只有是两个domain,这种情况，比较这个基因家族里面不同成员的蛋白全长是不是不合适？不容易得到25个成员的全蛋白进化树？

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重测序中SNP分析

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对宏基因组数据进行αβ多样性分析时，进行抽平处理是不是会更好，然后进行微生物组成功能的差异分析时，需要做抽平处理后再求相对丰度吗

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putty打开没反应

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GWAS分析绘制QQ图时，Observed值与Expected值相差较大

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使用monocle2进行轨迹分析报错

  • Zzz 2025-04-26 17:13
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终端没反应

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请问老师，我重新修改了软链接，但是基因组序列文件和注释文件批量链接还是出错，为红色

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对原始序列进行去接头，删除低质量的reads

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iqtree模型选择问题

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使用lordec 利用二代数据校正三代数据

  • yy 2025-02-26 10:53
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请老师帮忙解答，运行的构建泛基因组图谱的代码，生成的文件比视频中少很多

  • Oho 2025-04-27 12:19
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ParaAT批量比对，该怎么执行+X？

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您好，请问您paircoil2安装问题解决了吗，我安装也出现了和您类似的问题，我也按照那个文件要求把配置文件放在家目录下，但是仍然命令使用不了，网上实在搜索不到相关信息，只能请问您了，望回复

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你好，提取CDS序列时，出现错误，怎么解决

  • 2025-04-01 14:33
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共线性分析，绘图报错。看不懂，请问是啥意思？