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老师，请问我如何操作这4个exl才能得到完整的像课程中的一个VCF？直接复制粘贴exl到一个txt？

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5 gatk变异检测

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gatk GenomicsDBImport

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itol里面的控制面板control panel 找不到了

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请问老师单倍型分析结果中，我怎样确定block区间，如下图。请老师解答哪些标记划分为block1，哪些标记划为block2

  • 2025-02-23 21:38
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老师，在泛基因集构建时JCVI的比对，出现以下错误

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老师，请问泛基因家族成员鉴定中，hmmer结构域搜索；；我有两个结构域，而hmmersearch一次只能筛选一个结构域；请问如何筛选同时含有两个结构域的呢；请问这两条指令如何修改？

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IBD 计算2

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采用你们课程的：Rscript $scriptdir/gwas_manhattan_plot.r 以及Rscript $scriptdir/qq_plot.r制作Manhattan图和QQ图后，Manhattan图最高的SNP仅仅显示半圆（如下图），请问如何修复（就是修改可视化Manhattan图的纵坐标）

  • John 2025-03-12 15:35
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想问一下泛基因组分析时，基因家族的鉴定中选择a个物种；SV分析是文章中构建的b个物种中的；转录组分析是c个物种中的；请问a受b，c的影响吗？a：能不能我找到13个基因组就在13个基因组里面分析呢？而b和c是文章中找到的，利用人家的数据分析自己的基因，这样的理解对吗？

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老师，这是某一个最长转录本的保留；；请问#Ensembl 下载的基因组 会在基因和mRNA ID前面加gene: 和 transcript:这里给去掉；；这条指令是不是对应下图中要删除掉ID后面的gene mRNA exon CDS等信息呢？

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重测序分析

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我在win11本地GWAS分析时，进行plink。结果报错了（Segmentation fault （Core dumped）），请问各位如何解决

  • John 2025-03-12 15:36
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我执行了#将基因组序列文件和注释文件批量链接到当前文件夹 cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./这条操作；在data中rm -f一条一条删除了里面的内容之后，将我的数据上传，执行这条操作之后，软连接的仍然是玉米的数据，而不是我上传在data里的数据

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RNA-SEQ有参转录组的课程，可以来分析全转录组数据吗

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老师你好，我想问一下，我做基因家族分析，明明之前建了02.hmmsearch这个文件夹，并且做出来的东西也都放在里面，但是我在终端ll一下，显示total0，然后我新建进化树的文件展示已存在但我在文件夹里并没有找到

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染色体挂载使用的是大讲堂的镜像，bwa出现报错

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提取VCF 文件里的SNP

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老师，我正在做泛基因家族分析，在构建泛基因列表时，整理完matrix.txt文件，进一步进行矩阵整理时，得到的pangene.txt为什么都是nogene呢，另外，我们老师，我正在做泛基因家族分析，在构建泛基因列表时，整理完matrix.txt文件，进一步进行矩阵整理时，得到的pangene.txt为什么都是nogene呢，另外，我们

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单细胞测序FindAllmarkers