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单细胞

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1回答
236浏览

老师,图1是我用图2的代码实现的,现在我想仿照提取细胞亚类的方式,使用图3的代码单独提取TIP这个maker基因,不提取整个cluster3,这个代码可以实现吗,或者是否有其他代码可以使用

  • 单细胞
  • HHHHHH 2025-09-24 18:48:44
2回答
325浏览

老师,拟时序基础初步分析时,运行以下代码时Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle3.r --rds ../04.cell_type_ann_leaf/leaf.added.celltype.qs \ --use.seurat.umap --groupby mycelltype -o monocle3.1 --cpu 6,出现图中报错,是因为聚类分群的时候resolution值太低了吗

  • 单细胞
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  • HHHHHH 2025-09-10 11:39:31
1回答
4479浏览

Seurat 直接读取的表达矩阵可以是经过log2plus1和normalizaed to 10,000 counts per cell的矩阵吗?需要转化成raw count吗?

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  • AzuraAva 2020-09-03 21:40:04

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