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组学大讲堂的一个T2T组装培训课，在进行组装前先除去了和细胞器DNA高度相关的reads。但是我看现在大部分的文章没有特别处理细胞器的DNA，是在组装的过程中已经被除掉了吗？

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dadi

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RNAseq有参转录组数据自主分析课程 ，运行建立基因组索引命令时，报错，无法获取gene_length.txt文件，请问是什么原因？如何处理呢？

  • haha 2025-10-30 09:14
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单细胞转录组课程findallmarker中的KEGG和GO富集分析，对于不是模式植物的物种怎么进行富集分析

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泛基因家族转录表达

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在全基因组选择育种课程中，所有需要预测的样本（在 pred_ID.csv 中列出的ID），必须已经存在于那个巨大的基因型文件 imputed_snp.raw 中，是否就意味着我只能预测现有群体的缺失部分？我需要预测新的群体，那这 pred_ID.csv文件该如何编写？

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泛基因家族-热图

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泛基因家族-结构分析

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请问各位老师有没有像用脚本buildSummary.pl统计out文件一样的可以用于统计gff格式重复序列注释文件的脚本？

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泛基因家族分析-互作图

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老师请问一下我在做hic挂载练习的时候运行到使用bwa的aln和sampe进行比对，这里问什么不运用mem这个功能进行比对呢

  • Nier 2025-10-17 16:36
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单倍型分析

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新上的空间转录组课程可以用于分析华大基因测的数据吗

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泛基因家族分析数据准备里面，运行命令保留最长转录本结果都会报错，说是找不到文件，但文件存在在data目录下， ./.gff3.gz does not exist，Please verify the input file name/path

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泛基因家族分析PAV_gene.list中基因数量，少于gene.pep.fa中序列的数目

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宏基因组 2 3 代一起组装注释

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LD分析

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泛基因家族分析的数据准备的里面有一个加载全局变量env.sh,请问这个有什么作用？里面改没改这个Ref=B73为自己的物种有什么区别呢，修改了要不要加这个基因组的具体路径？

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关于保守结构域选择几个的问题

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10 在做HIC PRO,如果是双酶切。 那ligation site应该怎么写

  • 2025-11-12 15:28