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16S课程 03.asv_taxonomy

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老师，拟时序基础初步分析时，运行以下代码时Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle3.r --rds ../04.cell_type_ann_leaf/leaf.added.celltype.qs \ --use.seurat.umap --groupby mycelltype -o monocle3.1 --cpu 6，出现图中报错，是因为聚类分群的时候resolution值太低了吗

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老师您好，我用orthofinder2跑出来的多序列比对文件总是空的，导致后面分析报错，这个该怎么解决呢老师。

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老师您好，我运行MCMCtree的时候，为什么程序就不运行

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ALLHIC1挂载出现问题

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存在缺失分析

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老师好，我在做gwas分析小麦时，按照脚本进行vcftools 过滤生成clean.vcf.gz 文件后出现以下问题，该如何解决

  • Max 2025-07-17 10:14
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t2t基因组，转录组数据注释

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omicsclass/ampliseq-q1这个镜像没有了吗

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16S课程 启动镜像（DockerDesktop）

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老师，就是我组装叶绿体基因组，组装出来怎么是这个鬼样子啊，而且只有embplant_pt.K105.scaffolds.graph1.1.path_sequence.fasta，没有1.2， 这是什么问题呀

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执行cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./命令时，打开01.data_prepare文件里面的内容显示如下图所示

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老师，您好。在转录组学和代谢组学做联合分析时，必须要在同一通路下分析，还是相关通路都能分析，如转录组的植物激素信号转导（ko04075）和代谢组的植物激素合成(ko01070)能联合分析吗

  • Echo 2025-09-01 15:00
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16S课程 02.feature_table #16S 分析 deblur

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prodigal预测基因后会去除partial=00的contigs

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老师您好，我在搭建t2t基因组时候，hic挂载时，使用bwa aln和sampe比对时说版本不一致无法使用，查找原因说是因为大于100bp，现在使用bwa mem比对后就格式不一样，使用课程里的allhic的PreprocessSAM.pl和filterBAM_forHic.pl就无法使用了，格式不对，修改脚本后过滤出9.8g的bam文件，使用ALLHic_partition进行分组设置k=15，但是分组运行后只能分出1组，该怎么办呢？这是什么原因？

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tgsgapcloser 如何控制minimap占用的内存

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群体结构clean.vcf.gz转换成phy文件失败

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有参转录组数据分析，样品和基因组比对效率只有零点几，这是为什么？

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老师，您好！全基因组选择，利用自己的SNP数据（芯片SNP）进行基因型数据处理，beagle.27Feb25.75f.jar处理完成后，得到的imputed_snp里面没有SNP标记信息。