自强不息
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2025-09-24 19:41 发起提问

泛基因集执行命令时，由syn.txt文件到最后output.txt和final.last.gene.pair.txt文件生成时会丢失一些基因吗？我做自己的物种分析时发现丢失了一些基因，是什么原因？这正常吗

2025-09-24 15:24 发起提问

客服说泛基因组分析中26Pan-genes.list对应泛基因集分析章节中的final.last.gene.pair.txt文件，但是两者之间有差异，像是缺了几列是怎么回事，如下面详述，请解答

2025-09-24 12:04 发起提问

泛基因组分析中26Pan-genes.list这个文件在自己要分析的物种中怎么生成？没有相关方法介绍

2025-09-15 15:47 回答问题

执行cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./命令时，打开01.data_prepare文件里面的内容显示如下图

这是其中一个香蕉基因组的fa文件

2025-09-15 15:44 发起提问

执行cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./命令时，打开01.data_prepare文件里面的内容显示如下图

2025-09-14 18:01 发起提问

泛基因组运行cat ../id.txt|while read ind;do agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff3 -o ./${ind}.longest_isoform.gff3命令时

2025-09-14 17:40 发起提问

泛基因组分析教程中的env.sh文件运行自己相应物种时，里面的命令行是不是要进行修改如下图所示

2019-12-30 11:32 回答问题

基因家族分析时，顺式作用元件提取只能提取列表中的一部分基因，请问是什么原因

老师，您好，请问是基因位置信息出问题了，所以顺式作用元件提取只能提取一部分？位置提取的脚本我只在划线的那里改了一下，因为我的gff文件里面的基因ID是下面图显示的结果

2019-12-28 21:52 关注了问题

基因家族分析时，顺式作用元件提取只能提取列表中的一部分基因，请问是什么原因

2019-12-28 21:51 发起提问

基因家族分析时，顺式作用元件提取只能提取列表中的一部分基因，请问是什么原因