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Arabidopsis_thaliana.TAIR10.56.gff3.gz 课程资料发我的gff文件里面没有parent信息，影响基因家族分析吗？

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蛋白互作分析，Orthovenn3选择内容太多，不知道选啥？

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老师，我研究的植物有人已经构建了泛基因组，用的从头组装比对的方式，我想问一下，如何利用他的数据做我的研究，我可以添加几个自己的物种进去吗，请老师给个研究思路

  • Oho 2025-03-27 10:25
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请问老师，我已经成功在docker挂载我自己的基因组文件了，和01dataprepare前几个步骤一模一样，但是最后链接到01dataprepare的文件还是红色的无法打开

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宏基因组分析老师上课的内容。

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老师，为什么我把data数据链接过来的时候链接不过来，会出现这样页面？

  • 2025-03-07 09:30
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进行GTDB注释时报错，报错信息为缺少参考基因组

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A基因家族的家族成员一共25个，但是23个成员是一个domain，只有是两个domain,这种情况，比较这个基因家族里面不同成员的蛋白全长是不是不合适？不容易得到25个成员的全蛋白进化树？

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共线性分析，绘图报错。看不懂，请问是啥意思？

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想获得某个染色体序列，命令是啥？

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我在STRING数据库找不到我的物种

  • 2025-05-26 21:02
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共线性分析，请问layout内容问题在哪里？

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老师您好，做染色体水平基因组组装与注释，没做核型分析，可以推测染色体条数吗

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三代HIFI数据的格式

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老师，请问分析fasta格式的文件需要全部转成gff格式再分析吗？

  • 2025-02-26 23:00
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5 Orthofinder报错出现ZeroDivisionError: float division by zero

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GWAS分析的表型数据不符合正态分布，但是极值材料表型是真实存在的，所以是保留原始数据还是用IRNT转换表型值或者剔除不符合正态分布的值呢

  • 2025-07-11 23:22
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数据质控出现报错

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卸载重装后docker后为啥docker pull omicsclass/organelle-assembly:v1.0怎么下载不了这个镜像了

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老师，我每次做“提取可靠基因家族成员的结构域序列”，提取出来的基因就变成了一个，之前正常的例如WRKYgene.pep.fa也相应变为一个了，请问老师，是我WRKYgene.list文件有问题么？但是生成pep是正常的