老师，拟时序基础初步分析时，运行以下代码时Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle3.r --rds ../04.cell_type_ann_leaf/leaf.added.celltype.qs \ --use.seurat.umap --groupby mycelltype -o monocle3.1 --cpu 6，出现图中报错，是因为聚类分群的时候resolution值太低了吗 - 组学大讲堂问答社区

老师，拟时序基础初步分析时，运行以下代码时Rscript $scripts/cell_trajectory_monocle3.r --rds ../04.cell_type_ann_leaf/leaf.added.celltype.qs \ --use.seurat.umap --groupby mycelltype -o monocle3.1 --cpu 6，出现图中报错，是因为聚类分群的时候resolution值太低了吗

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分类：转录组

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 2025-09-25 09:24

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

mycelltype 这个分组的细胞只有一种细胞类型，你检查你的leaf.added.celltype.qs 的metadata文件看看这一列是不是只有一组；

打开R脚本cell_trajectory_monocle3.r，把这些行删除，或者行前面加上 # 号，不运行这个绘图试试：

HHHHHH 2025-09-25 14:54

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HHHHHH 提出于 2025-09-10 11:39