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老师您好，我想咨询下关于这篇文章中《华大stereo-seq 添加上底片转换成10X格式方便scanpy和seurat读入分析？的gemTo10X.r脚本，不知道您是否方便发一下？还有这样转换成10×格式后会在分析上面产生一些报错吗？

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用R可视化snp分布的时候出现错误：WARNING: ignoring environment value of R_HOME Fatal error: cannot create 'R_TempDir'

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老师我的基因组都是Scaffold，没有染色体级别的基因组，这种适合做泛基因家族鉴定么。我是在BnPIR(http://cbi.hzau.edu.cn/cgi-bin/rape/download_ext)下载的

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blsatp，我想拿发表文献的基因ID的蛋白序列和我自己搜出来的序列（$species.gene.pep.fasta）比对。我先是把这两个序列放在一起。然后再建库比对。出现问题。怎么办？后来我在那个gene.pepe.fasta中选择几个序列和发表文献的序列放在一起建库比对就能行。原因是什么？我

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老师我一个一个步骤进行，一个基因一个基因分析，是这个命令有问题才出现domain_final.bed只有一个基因，代码有问题么:grep -v '#' ZS11.v10.FAE1_hmmerOut.final.txt|awk 'BEGIN{OFS="\t"}$10==1 {print $1,$18,$19 }' >ZS11.v10.domain_final.bed,这是我刚刚使用的这步的代码，前一步产生的hmmerOut.final.txt文件还整常

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HISAT2比对时报错|sam文件为空白，summary文件为(ERR): hisat2-align died with signal 9 (KILL)

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您好，请问在docker镜像中运行sed -i 's/transcript://' 文件名，报错sed: cannot rename ./sed2GGE7g: Input/output error是什么原因呢？在单位集群中同样的命令执行同一文件，没有报错。多谢！

  • 2025-07-05 22:21
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老师，cellranger count 报错：job failed in stage code怎么解决

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cellranger count 报错：job failed in stage code怎么解决

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老师，这个筛选步骤每个基因组只有一个基因，后面提取可靠基因家族成员的蛋白全长序列正常，提取可靠基因家族成员的结构域序列这一步也是只有一个，是我前面的步骤出错了么，筛选前还一切正常，

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使用GSDS来可视化基因的顺势作用元件，发现有些元件显示不出来。只能修改那些元件颜色和形状，不能移动元件标识。用那个GSDS自带的edit功能，进去之后之前修改的元件形状又变成修改之前的样子，edit只能移动不会修改元件颜色和形状，也不会保存到本地。请老师给想个办法？

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老师你好，我用全长序列进行比对构建进化树时，发现许多序列的长度长短不一，这样可以用吗？ 感谢老师答疑

  • 2025-04-03 10:41
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linux终端如何打开一个应用的GUI

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共线性分析进行blast+比对，输出屏幕出现waring，这是啥意思啊?影响比对结果吗？最后能输出blast文件

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老师 就是我在做比较基因分析的时候生成的bed文件是空的 这是什么问题呀

1 解决

T2T基因组组装，去除自冗余，发现是minimap2 -D -cx asm5 -t 10 tmp1.fa tmp1.fa > tmp1.self.paf 命令产生的tmp1.self.pa文件中有各别行输出结果有问题（17[M::worker_pipeline::1636.730*6.86] mapped 12 sequences），后续awk命令报错。如下图

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蛋白3D结构预测

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Error, no sequence for chr1 at /wcr/TransDecoder/util/gff3_file_to_proteins.pl line 82.

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老师，我做共线性分析时，出现了以下错误，什么也生成不出来

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docker 安装