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组装后的cds.count文件里有小数是合理的吗

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泛基因组分析中26Pan-genes.list这个文件在自己要分析的物种中怎么生成？没有相关方法介绍

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老师，您好！全基因组选择，利用自己的SNP数据（芯片SNP）进行基因型数据处理，beagle.27Feb25.75f.jar处理完成后，得到的imputed_snp里面没有SNP标记信息。

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老师您好，我用orthofinder2跑出来的多序列比对文件总是空的，导致后面分析报错，这个该怎么解决呢老师。

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群体结构clean.vcf.gz转换成phy文件失败

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使用eggnog对组装后的基因进行CAZy和EC酶的注释，一个序列会注释到多个正常吗？另外我还想问一下进行lda分析时，未注释到的功能或者基因应该删除吗

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xpclr

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泛基因组运行cat ../id.txt|while read ind;do agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff ./${ind}.gff3 -o ./${ind}.longest_isoform.gff3命令时提醒以下情况，请问具体该怎么解决

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运行自己的数据绘制Upset图，这个报错是什么原因呢？

  • halo 2025-08-27 18:27
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存在缺失分析

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老师，我做泛基因家族鉴定时，06.SV_analysis最后得到的All.final.sv.out基因结构变异信息只有一条，请问哪里可能有问题

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prodigal预测基因后会去除partial=00的contigs

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老师，您好！全基因组选择，利用自己的SNP数据（芯片SNP）进行基因型数据处理，beagle.27Feb25.75f.jar处理完成后，得到的imputed_snp里面没有SNP标记信息。

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dadi分析

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tree_tax出错

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mcmctree运行很长时间

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5 进行宏基因组分析组装这一部分，比对 reads，生成未比对 BAM 文件时很慢

  • 2025-10-10 20:38
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请问win11家庭版上刚开始基于hyper-v安装了docker，后来调整docker设置变成基于WSL2安装docker，然后请问这样可行吗？怎么使用？

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老师，就是我在用misa鉴定ssr的时候，把文件输进去出现下面这个问题怎么解决，用你们提供的数据也是一样的问题，我找不到原因

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老师，我做基因家族基因结构变异信息时，只有8条结果，这个结果还能继续往下做么？我又做了一个家族，有70多条变异信息，这个结果怎么样