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老师，我在构建泛基因列表时，做cat pangene_filter.*lifted.anchors | grep -v "^#" | awk '{print $1"\t"$2}'> ../03.jcvi-pan-vs-genome/syn.txt这一步，找不到pangene_filter.*lifted.anchors 是怎么回事

1 解决

Hic挂载时 K值选择

  • _He. 2025-04-23 08:48
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命令无法运行

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老师 请问这个运行时需要很久吗，上面显示的需要7天

  • Oho 2025-03-08 15:13
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老师，进行结构变异分析时得到了tsv数据，请问需要转变为vcf文件吗？如果需要的话如何转变呢？

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老师您好，在参考基因组比对时出错。

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关于填充gap后的polish

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老师你好，我想问一下，我做基因家族分析，明明之前建了02.hmmsearch这个文件夹，并且做出来的东西也都放在里面，但是我在终端ll一下，显示total0，然后我新建进化树的文件展示已存在但我在文件夹里并没有找到

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请问您是如何找出是哪号样品的哪个染色体的相关文件有错误的呢

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请问老师。镜像启动是哪里出错了

  • 2025-03-11 21:25
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IBD 计算2

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共线性分析获取基因对应的蛋白序列信息出问题

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GWAS做关联区域分析时，根据p值获取关联区域中，为什么要用如下语句以合并P值（此语句是2023.4.10日添加的） cat pvalue.bed region.bed |sort -k1,1 -k2,2n >all.region.bed 合并P值在获取关联区域的作用是什么，可否像之前录像讲的那样不用这个语句吗？

  • John 2025-03-12 15:34
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老师，我正在做泛基因家族分析的系统发育树构建，构树过程中，出现以下的过程及警告，请老师帮忙看看是否正常，这些重新序列的编号是否有影响（序列对其修剪后有重复名称已去除），以及我下面的系统发育树这么多是否正常，还是需要筛掉一些？

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请问这2个sam文件对后续有什么帮助吗 占用内存太大 想删掉 不知道有没有用

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老师您好，我在运行collapse_samples.py这段代码用于物种注释时出错，出错信息为 qiime.parse.QiimeParseError: No header line was found in mapping file.请问该如何解决？

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老师，我有20个不同菌株的基因序列（fasta文件），请问怎么进行基因组学分析？

  • 2025-02-23 13:46
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3 老师，在泛基因列表构建时，总共113个基因组，成功提取了最长转录本，提取bed文件，但提取cds文件时，有一个文件A10总是失败，不知道什么原因。

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genomescop2有没有办法出pdf的图片呢

  • 2025-01-20 15:14
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怎么从泛基因组call SNP呢？

  • 2025-03-05 17:34