我的all.chr.hmp.txt.gz文件大小是4.6G再跑gapit的模型总报错

#!/bin/bash

set -euo pipefail

scriptdir="/work/scripts"
workdir="/work"

hmp_dir="/work/2005/tmp_vcf_chr"
out_dir="/work/2005/hmp_chr"

full_hmp="${hmp_dir}/all.chr.hmp.txt.gz"

cd "$out_dir"

echo "============================================"
echo "文件:$full_hmp"
echo "============================================"

export OPENBLAS_NUM_THREADS=1
export OMP_NUM_THREADS=1
export MKL_NUM_THREADS=1
export VECLIB_MAXIMUM_THREADS=1
export NUMEXPR_NUM_THREADS=1

for m in FarmCPU Blink FaST EMMA EMMAx; do

    echo "======================================="
    echo "
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2 个回答

乔治

报错是attachments-2026-05-rEx1vDYJ6a194f5f38f0f.png

./1.sh: line 27: 615392 Killed                  Rscript "$scriptdir/gapit_gwas.r" -i "$full_hmp" -t "$workdir/2005/tmp_vcf_chr/pheno.txt" -m "$m" -n "hd.${m}.GWAS.Results"

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Ti Amo

看不到kill的原因,推测是内存或者存储问题

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  • 乔治 提出于 2026-05-29 16:32

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