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遗传图谱构建基础知识

遗传图谱构建基础知识

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  • omicsgene
  • 发布于 2024-04-22 13:27
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linux复制软连接的源文件

直接使用cp拷贝一个软连接,就只能得到一个软连接 但如果有的时候我们需要将软连接指向的文件复制到本地,就可以用到-L参数 其中-L是复制源文件,-l则是创建一个硬链接,注意别用错了

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  • xun
  • 发布于 2024-04-22 13:20
  • 阅读 ( 1338 )

遗传图构建-SNP标记分型

遗传图构建-SNP标记分型

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  • omicsgene
  • 发布于 2024-04-17 09:07
  • 阅读 ( 1578 )

R 安装包：configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations.

R 安装包：configure: error: proj_api.h not found in standard or given locations.

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  • omicsgene
  • 发布于 2024-04-16 15:38
  • 阅读 ( 1329 )

IF=8.7 | T2T康乃馨基因组揭示了相同基因在不同单倍型基因组中的表达差异

2024年1月 Horticulture Research杂志在线发表了一篇题为“The haplotype-resolved telomere-to-telomere carnation (Dianthus caryophyllus) genome reveals the correlation between genome ar...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-04-15 13:34
  • 阅读 ( 1654 )

SNP 过滤标准保证数据质量及参考文献：

最近有审稿人问我们的SNP过滤标准的合理解释，这里总结一下相关的参考文献和标准的出处

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  • omicsgene
  • 发布于 2024-04-12 16:59
  • 阅读 ( 2444 )

sort: write failed: /tmp/sort0JADkd: No space left on device报错

sort: write failed: /tmp/sort0JADkd: No space left on device报错

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  • 安生水
  • 发布于 2024-04-12 10:29
  • 阅读 ( 1538 )

利用vcftools分析玉米和大刍草基因组区域或基因区域是否受到选择

通过已经发表的玉米和大刍草基因组变异数据来计算感兴趣的基因组位置上，是否受到选择。主要是比较大刍草和玉米之间，该区间的多样性是否会下降，如果该区域内SNP的多态性下降，表明该区域内受到了选择。

tassel PCA报错

tassel 跑PCA的时候由于SNP位点太多报错

转录组个性化分析之可变剪切分析工具：rMATS turbo

转录组个性化分析之可变剪切分析工具：rMATS turbo

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  • 安生水
  • 发布于 2024-04-01 11:36
  • 阅读 ( 5085 )

svg2xxx运行报错

/share/work/biosoft/tools/distributing_svg_4.74/svg2xxx_release/svg2xxx all.KEGG.svg ./ -dpi 300 Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedOperationException: The Security Ma...

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  • xun
  • 发布于 2024-03-26 11:31
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一些常见R代码的报错和解决办法

Error: cannot allocate vector of size X Gb 这种问题尤其在32位R版本中常见，因为它们对可用内存有限制。即使在64位版本中，当数据集非常大时也可能遇到内存问题。解决这个问题通常需要优化...

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  • xun
  • 发布于 2024-03-25 14:39
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GATK 4.4.0报错“ A JNI error has occurred, please check your installation and try again”

报错 在利用GATK进行markdup和variant calling的时候出现报错： 报错的主要信息用红框框出了，错误信息是：错误为发生JNI错误，请检查安装并重试。 出现报错的原因： 1. javac与java版本...

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  • Ti Amo
  • 发布于 2024-03-25 11:54
  • 阅读 ( 1353 )

R语言-文件行名重复，对行名重命名

R语言对重复的行名进行重命名操作

windows安装Aspera Connect软件

windows安装Aspera Connect软件

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  • 安生水
  • 发布于 2024-03-22 17:29
  • 阅读 ( 3375 )

illumina平台转录组299/样品，组学大讲堂学员专属福利！速来报名吧！

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在Windows系统中安装并使用seqkit工具

seqkit软件介绍： Seqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件，由go语言编写，功能比较完善，软件使用也很稳定。 下载链接：https://bioinf.shenwei.me/seqkit/download/ 下载方式： 1. 点...

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  • rzx
  • 发布于 2024-03-19 17:01
  • 阅读 ( 2589 )

bcftools创建vcf索引失败

bcftools创建vcf索引失败

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  • 安生水
  • 发布于 2024-03-18 13:44
  • 阅读 ( 1056 )

遗传图谱中各种作图群体介绍

基因定位在动植物研究中非常重要，利用遗传图谱很多科学家定位了重要作物的重要农艺性状，例如克隆水稻分蘖基因 MOC1 的李家洋院士团队，克隆了水稻粒重基因 GW2 的林鸿宣院士团队……，还有数以...

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  • omicsgene
  • 发布于 2024-03-14 18:05
  • 阅读 ( 4800 )

GFF或GTF格式转bed

GFF或GTF格式转bed

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  • 安生水
  • 发布于 2024-03-14 14:02
  • 阅读 ( 1632 )