微生物多样性分析之Bray curtis距离
Bray-Curtis距离是以该统计指标的提出者J. Roger Bray和John T. Curtis的名字命名的主要基于OTUs的计数统计比较两个群落微生物的组成差异。与unifrac距离包含的信息完全不一样相比于jaccard距...
- 0
- 4
- 安生水
- 发布于 2018-05-18 09:21
- 阅读 ( 16563 )
安生水
给大家推荐两个预测植物顺势作用元件的网站
Plant CARE 地址：http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/ PLACE 地址：https://sogo.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/sogo.cgi?lang=en&pj=640&action=page&pag...
- 3
- 4
- landy
- 发布于 2018-05-17 17:29
- 阅读 ( 11655 )
landy
omicsgene
利用NCBI和Pfam数据库查找基因家族保守结构域相关信息
相近功能基因的检索方法，如何利用pfam数据库下载隐马尔科夫hmm文件。
- 6
- 4
- landy
- 发布于 2018-04-23 14:05
- 阅读 ( 53696 )
NCBI批量下载数据,省时又省力
对于从NCBI大批量的进行数据下载，手动操作无疑是一项沉重的工作，因此可以批量下载数据的方法十分必要。本文介绍如何实现这一方法及后续的一些数据处理方法。
- 3
- 4
- 安生水
- 发布于 2018-04-22 10:47
- 阅读 ( 14062 )
PASA报错：unique constraint failed: asmbl_link.asmbl_acc, asmbl_link.cdna_acc
通常会从同源、转录组、从头三个方面进行基因结构注释，其中PASA是转录组注释的常用软件。 报错： 把三代转录组数据投入PASA是出现报错：unique constraint failed: asmbl_link.asmbl_acc, as...
- 0
- 3
- Ti Amo
- 发布于 2024-09-30 13:50
- 阅读 ( 968 )
Ti Amo
已知目标基因，如何进行局部共线性绘图？
在日常的生信分析中，通过一些组学分析策略我们能够得到与某一物种性状紧密关联的候选基因。在此情况下，如果我们想要对候选基因在其他物种中的同源基因进行查找，或者在染色体上对这些基因进行定位，那么就需要进行物种间基因座的局部共线性可视化(Microsynteny visualization)。今天我们就来教大家使用jcvi软件包中的子程序MCscan(Python version)进行物种间基因组的局部共线性绘图。
- 1
- 3
- 每天学习一点点
- 发布于 2023-09-14 11:29
- 阅读 ( 6994 )
每天学习一点点
2023年秋季线下/直播培训火热报名中！
疫情已经结束，暌违已久的组学大讲堂线下培训回归了！这个暑期，组学大讲堂为大家准备了丰富多样的培训课程。
- 0
- 3
- 生信老顽童
- 发布于 2023-06-08 10:03
- 阅读 ( 4213 )
生信老顽童
保姆式教程！手把手教你使用Simplot，绘制高大上的序列相似性图片
保姆式教程！手把手教你使用Simplot，绘制高大上的序列相似性图片
- 1
- 3
- 生信阿姨
- 发布于 2023-01-31 15:30
- 阅读 ( 8269 )
生信阿姨
NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta，gff3，gtf，gb文件等
NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta，gff3，gtf，gb文件，以及获得细胞器基因组的全部基因名称
- 1
- 3
- 星莓
- 发布于 2022-12-05 14:58
- 阅读 ( 10865 )
星莓
你想桃子吗
lasso_cox.r lasso_cox 模型优化分析
lasso_cox.r lasso_cox 模型优化分析
- 1
- 3
- omicsgene
- 发布于 2021-06-25 17:00
- 阅读 ( 6680 )
转录组扫盲系列--转录组如何建库？
很多老师都做过转录组，但你对转录组了解吗？知其然，更要知其所以然，才能对数据结果理解更深入，从本期起，小编给大家详细介绍下转录组实验及分析过程，里面肯定有你不知道的知识，赶紧get下...
- 0
- 3
- 红橙子
- 发布于 2021-04-26 19:02
- 阅读 ( 12579 )
红橙子
Kaplan-Meier生存分析中三种检验方法(log-rank、breslow、tarone)的比较
Kaplan-Meier生存分析中三种检验方法(log-rank、breslow、tarone)的比较
- 1
- 3
- omicsgene
- 发布于 2021-03-30 15:48
- 阅读 ( 12593 )
