全部 - 推荐的文章 - 第7页 - 组学大讲堂问答社区

转录因子研究方法！

转录因子研究方法

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生信老顽童
发布于 2018-06-20 10:13
阅读 ( 14968 )

分析基因家族时两种搜索基因家族成员方法比较

在分析基因家族时需要鉴定基因家族成员时，有两种鉴定方法: 第一种、利用蛋白保守结构域的隐马尔科夫模型搜索。第二种、利用BLAST序列比对搜索基因家族成员。这两种情况的适用条件：如果要...

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landy
发布于 2018-06-08 14:48
阅读 ( 7056 )

如何将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)或者Symbol

AnnotationDbi 和结合物种对应的注释文件，将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)

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Daitoue
发布于 2018-06-07 18:30
阅读 ( 37469 )

TCGA数据下载

TCGAbiolinks 下载 TCGA 数据

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microRNA
发布于 2018-05-25 10:30
阅读 ( 5688 )

WGCNA分析要求

WGCNA常见问题

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microRNA
发布于 2018-05-25 10:04
阅读 ( 13099 )

perl对文件夹处理

用perl批量处理文件夹下所有文件 opendir（）获取目录权柄；readdir（）读取目录下文件 #!/usr/bin/perl -w $dirname = "/tmp"; #指定一个目录 opendir ( DIR, $dirname ) || die...

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安生水
发布于 2018-05-24 16:15
阅读 ( 3553 )

beta多样性中的距离矩阵总结

距离矩阵差别：jaccard bray-curtis 欧式距离 unifrac（weighted/unweigted）

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omicsgene
发布于 2018-05-24 13:20
阅读 ( 13396 )

转录组数据挖掘的几个建议

如何挖掘数据？明确研究目的，实验方案设计，关注已知的结果，结合表型，进行突破

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microRNA
发布于 2018-05-18 11:28
阅读 ( 4832 )

微生物多样性分析之Bray curtis距离

Bray-Curtis距离是以该统计指标的提出者J. Roger Bray和John T. Curtis的名字命名的主要基于OTUs的计数统计比较两个群落微生物的组成差异。与unifrac距离包含的信息完全不一样相比于jaccard距...

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安生水
发布于 2018-05-18 09:21
阅读 ( 17147 )

给大家推荐两个预测植物顺势作用元件的网站

Plant CARE 地址：http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/ PLACE 地址：https://sogo.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/sogo.cgi?lang=en&pj=640&action=page&pag...

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landy
发布于 2018-05-17 17:29
阅读 ( 12956 )

如何获取金币

如何获取金币。

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omicsgene
发布于 2018-05-09 14:02
阅读 ( 23469 )

利用NCBI和Pfam数据库查找基因家族保守结构域相关信息

相近功能基因的检索方法，如何利用pfam数据库下载隐马尔科夫hmm文件。

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landy
发布于 2018-04-23 14:05
阅读 ( 55907 )

NCBI批量下载数据,省时又省力

对于从NCBI大批量的进行数据下载，手动操作无疑是一项沉重的工作，因此可以批量下载数据的方法十分必要。本文介绍如何实现这一方法及后续的一些数据处理方法。

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安生水
发布于 2018-04-22 10:47
阅读 ( 14860 )

NCBI 10X 单细胞原始数据下载解压注意：--include-technical

10X 单细胞原始数据下载

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omicsgene
发布于 2025-08-11 13:52
阅读 ( 196 )

PASA报错：unique constraint failed: asmbl_link.asmbl_acc, asmbl_link.cdna_acc

通常会从同源、转录组、从头三个方面进行基因结构注释，其中PASA是转录组注释的常用软件。报错：把三代转录组数据投入PASA是出现报错：unique constraint failed: asmbl_link.asmbl_acc, as...

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Ti Amo
发布于 2024-09-30 13:50
阅读 ( 1335 )

linux系统中docker镜像下载失败解决办法

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omicsgene
发布于 2024-06-25 13:50
阅读 ( 4272 )

cytoscape安装报错：No JVM could be found on your system

cytoscape安装报错：No JVM could be found on your system，通常是由于不适配的java版本

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每天学习一点点
发布于 2023-11-23 17:41
阅读 ( 3057 )

在日常的生信分析中，通过一些组学分析策略我们能够得到与某一物种性状紧密关联的候选基因。在此情况下，如果我们想要对候选基因在其他物种中的同源基因进行查找，或者在染色体上对这些基因进行定位，那么就需要进行物种间基因座的局部共线性可视化(Microsynteny visualization)。今天我们就来教大家使用jcvi软件包中的子程序MCscan(Python version)进行物种间基因组的局部共线性绘图。