如何利用HMMER鉴定基因家族成员
作者 smyang2018 在可视化, 归档, 生物信息学, 软件学习 通常我们用的都是通过blast比对来确定我们需要的家族成员，首先是比对序列，再次是需要目标物种的蛋白序列，来进行比对，通常比对的时...
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- smyang2018
- 发布于 2019-04-04 10:23
- 阅读 ( 13980 )
smyang2018
omicsgene
GeneDoc绘制漂亮的多重序列比对图
由于软件的功能限制，一些比对软件生成的比对文件，如Clustalx的*.aln文件，可读性差，无法满足高质量期刊的要求。因此，在实际操作过程中，需要对一些多重序列比对的文件进行着色美化。 GeneD...
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- 安生水
- 发布于 2019-03-01 12:00
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安生水
红橙子
Daitoue
Pacbio 数据相关的几个重要概念
Polymerase Read， Subreads，Circular Consensus Sequence 的概念和相互关系
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- microRNA
- 发布于 2018-09-10 14:18
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microRNA
利用WGCNA分析提升转录组测序文章档次
下面就给大家介绍两篇利用WGCNA分析基因共表达网络来提升文章档次。
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- omicsgene
- 发布于 2018-07-27 09:51
- 阅读 ( 7114 )
blast比对结果说明
我们作比对时经常用到blast，其比对结果一般都用m8格式（即参数是 -m 8，blast+是 -outfmt 6），但是结果文件中是没有表头的，这里来写一下。
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- 安生水
- 发布于 2018-07-20 11:13
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你了解SAM和BAM文件吗
当我们测序得到的fastq文件map到基因组之后，会得到一个以SAM或Bam为扩展名的文件。这里将详细介绍SAM和Bam文件！
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- 安生水
- 发布于 2018-06-29 09:33
- 阅读 ( 13053 )
如何按照影响因子筛选文章--PubMed文献搜索技巧
PubMed文献搜索的一个实用技能--如何按照影响因子进行筛选文章？
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- 生信老顽童
- 发布于 2018-06-20 10:18
- 阅读 ( 21864 )
生信老顽童
分析基因家族时两种搜索基因家族成员方法比较
在分析基因家族时需要鉴定基因家族成员时，有两种鉴定方法: 第一种、利用蛋白保守结构域的隐马尔科夫模型搜索。 第二种、利用BLAST序列比对搜索基因家族成员。 这两种情况的适用条件：如果要...
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- landy
- 发布于 2018-06-08 14:48
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landy
如何将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)或者Symbol
AnnotationDbi 和 结合物种对应的注释文件，将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)
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- Daitoue
- 发布于 2018-06-07 18:30
- 阅读 ( 37052 )
perl对文件夹处理
用perl批量处理文件夹下所有文件 opendir（）获取目录权柄；readdir（）读取目录下文件 #!/usr/bin/perl -w $dirname = "/tmp"; #指定一个目录 opendir ( DIR, $dirname ) || die...
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- 安生水
- 发布于 2018-05-24 16:15
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