bedtools求交集

bedtools求交集 其用法: bedtools intersect [OPTIONS] [-a|-abam]-b BED 输入文件是bed格式,至少三列,分别...

Bedtools是处理基因组信息分析的强大工具集合,其中 intersect 函数可以求区域之间的交集。

attachments-2018-10-MiJ1jBF25bc94a942c418.jpg

其用法:

bedtools intersect [OPTIONS] [-a|-abam]-b BED

输入文件是bed格式,至少三列,分别是染色体,起始位置(0-based,  包括),终止位置  (1-based,不包括)。第四列一般为区域名字,


案例一:包含着染色体位置的两个文件,分别记为A文件和B文件。分别来自于不同文件的染色体位置的交集是什么?

$ cat A.bed

chr1 10 20

chr1 30 40

$ cat B.bed

chr1 15 25

$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed 

chr1 15 20 


案例二:包含着染色体位置的两个文件,分别记为A文件和B文件。求A文件中哪些染色体位置是与文件B中的染色体位置有overlap.

$ cat A.bed

chr1 10 20

chr1 30 40

$ cat B.bed

chr1 15 25

$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wa

chr1 10 20 



案例三: 包含着染色体位置的两个文件,分别记为A文件和B文件。求对于A文件的染色体位置是否与文件B中的染色体位置有交集。如果有交集,分别输入A文件的染色体位置和B文件的染色体位置;如果没有交集,输出A文件的染色体位置并以'. -1 -1'补齐文件。

$ cat A.bed

chr1 10 20

chr1 30 40

$ cat B.bed

chr1 15 25

$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -loj

chr1 10 20 chr1 15 25

chr1 30 40 . -1 -1


案例四: 包含着染色体位置的两个文件,分别记为A文件和B文件。对于A文件中染色体位置,如果和B文件中染色体位置有overlap,则输出在A文件中染色体位置和在B文件中染色体位置,以及overlap的长度.

$ cat A.bed  chr1 10 20 chr1 30 40

$ cat B.bed chr1 15 20 chr1 18 25

$ bedtools intersect -a A.bed -b B.bed -wo

chr1 10 20 chr1 15 20 5

chr1 10 20 chr1 18 25 2


  • 发表于 2018-10-19 11:30
  • 阅读 ( 3800 )
  • 分类:软件工具

0 条评论

请先 登录 后评论
安生水
安生水

249 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 496 文章
  2. 安生水 249 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. CORNERSTONE 72 文章
  6. 红橙子 66 文章
  7. 生信老顽童 48 文章
  8. landy 37 文章