R语言统计相同ID出现的频率并用ggplot2绘制柱状图

统计相同ID出现的频率，并用ggplot绘制柱状图；

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• 发布于 2018-07-01 15:46
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R语言统计数据范围并用ggplot2绘制柱状图

R语言，按数值范围统计频次，绘制柱状图

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• 发布于 2018-07-01 15:33
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百万样品GWAS解释精神疾病间的遗传关系

2018年，《Science》一篇研究论文通过对上百万例实验样品数据进行分析，揭示不同精神疾病之间享有共同的遗传变异，然而神经性疾病表现更为独立。

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• 发布于 2018-06-29 22:13
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2018年最新SCI影响因子及中科院分区统计

2018年最新生命科学类SCI影响因子及中科院分区统计

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• 发布于 2018-06-29 21:51
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perl语言——正则表达式

正则表达式(regular expression)描述了一种字符串匹配的模式，可以用来检查一个串是否含有某种子串、将匹配的子串做替换或者从某个串中取出符合某个条件的子串等。 Perl语言的正则表达式功能非...

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• 安生水
• 发布于 2018-06-29 14:32
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R处理大数据时内存out of memory的问题

R处理大数据时偶尔会出现out of memory的问题，相关解决方法： 1、memory.size()查看当前work space内存使用状况（MB） 2、memory.limit()查看当前work space运行使用内存的上限 > memo...

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• Daitoue
• 发布于 2018-06-29 13:16
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统计不同样品-生物学重复基因表达量数据合并和绘图统计

处理统计RNA-seq 表达量数据，绘制柱状图，PCA散点图，还有不同样品表达基因维恩图。

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• 发布于 2018-06-28 23:52
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微生物互作网络构建教程网站--Microbial association network construction tutorial

基于微生物16s测序数据中的OTU丰度矩阵可以进行微生物互作网络构建，从而探索微生物之间的互作关系。而网络的构建方法多种多样，下面给大家推荐一个网站，Microbial association network constr...

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• Daitoue
• 发布于 2018-06-28 22:18
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转录组分析时，影响差异基因数量的因素有哪些？

     差异基因的筛选是基于统计学意义的，不能直观的通过两个数值的大小判断差异基因的是否。 首先：受测序深度的影响，有些样品的测序深度较深，可能导致该样品的readcount数值较高，做差...

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• landy
• 发布于 2018-06-28 16:33
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大数据挖掘解决老年痴呆症百年难题

大数据挖掘解决老年痴呆症的病因，可能更病毒感染有关

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• 发布于 2018-06-28 10:12
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Cufflinks,Stringtie 合并转录本之后，如何筛选新转录本？

GTF文件中class code 注释转录本的类型

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• 发布于 2018-06-28 09:51
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R 删除重复数据

R 删除重复数据的方法，包括duplicated 和unique 针对duplicated, 对向量的元素或数据框的行进行操作的时候，返回逻辑值，以下面的数据框为例：  dat   A B C D1  a b a c2  c k b d3  c k c c4...

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• Daitoue
• 发布于 2018-06-27 22:00
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搭建生信编程环境eclipse+perl+python+R（java环境）

搭建自己的生信编程环境eclipse+perl+python+R（java环境）

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• 发布于 2018-06-25 15:45
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TCGA和GEO套路文章解说

利用GEO数据TCGA数据筛选疾病相关标志分子，miRNA，mRNA，lncRNA，circRNA等；

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• 发布于 2018-06-23 14:08
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gdc-client 下载TCGA数据

gdc-client 下载TCGA数据

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• 发布于 2018-06-22 16:10
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叶绿体基因做跨物种系统发育分析

叶绿体是绿色植物进行光合作用的细胞器，具有合成蛋白质、淀粉、色素等功能，普遍存在于真核自养生物中，尤其是藻类和陆生植物，其基因组可自主遗传。

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• 安生水
• 发布于 2018-06-22 16:01
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SNP2CAPS使用

SNP2CAPS可将SNP转换为CAPS标记，其具体用法： perl SNP2CAPS.pl   chr5D:9950377.fa_1    link_gcg    AanI,AarI,AasI,AatII,Aba6411II,AbaB8342IV,AbaCIII   > chr5D:9950377.txt 其中...

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• 安生水
• 发布于 2018-06-22 15:44
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merged.gtf 合并同一转录本的exon位置

在merged.gtf文件中有所有外显子的信息，下面的脚本可根据此文件提取转录本的所有外显子位置信息。 merged.gtf文件实例： Chr00   Cufflinks       exon    37990   38333   .       +      ...

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• 安生水
• 发布于 2018-06-22 15:09
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聚合酶链式反应（PCR）

聚合酶链式反应，其英文Polymease Chain Reaction(PCR)是体外酶促合成特异DNA片段的一种方法,由高温变性、低温退火及适温延伸等几步反应组成一个周期,循环进行,使目的DNA得以迅速扩增,...

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• 安生水
• 发布于 2018-06-22 14:00
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Hierarchical clustering主要聚类方法与R语言中聚类函数的应用

系统聚类Hierarchical clustering（层次聚类、谱系聚类）— 最短距离法（single linkage)— 最长距离法 （complete linkage)— 中间距离法 （median method)— 可变距离法 （flexible median)— 重心...

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• Daitoue
• 发布于 2018-06-22 12:11
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