KM-plotter在线生存分析

KM-plotter在线生存分析

KM-plotter(http://kmplot.com/analysis/index.php?p=service) 是一个在线进行生存分析的网站。目前网站可以针对54,675 个基因、18,674个癌症样本展开研究,涉及了乳腺癌、肺癌等等;数据类型有芯片数据、高通量测序数据,涉及mRNA和miRNA,并且在不断丰富之中。网站的使用,一般是对相关研究数据进行分析(譬如针对GEO数据库数据、TCGA数据库数据进行分析),筛选biomarker之后,再利用该网站对目标基因进行生存分析验证,从而佐证并丰富实验结果。


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网站使用

KM-plotter的使用界面如下图(Ovarian Cancer界面),页面罗列了生存分析的各数据参数设置选项,包括分析的主要参数和其他相关数据设置。

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1.主要设置

针对目标基因进行生存分析时,需要明确分析的癌症类型(见下图),确定癌症类型(mRNA芯片数据、mRNA RNA-seq数据或者miRNA数据)之后,填写正确的基因symbol或者提供芯片的探针ID(芯片数据,探针ID和基因对应关系可以从网页Download中下载),选择具体的病人分组标准,以及生存分析类型(OS、PFS、PPS等等)、随访时间等等。


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2.具体数据

具体的相关数据设置,主要是选择将要利用的具体数据类型,譬如针对具体阶段、分型数据、或者具体的数据集等等进行分析(见下图)。

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3.设置差异

需要注意,不同的癌症类型将涉及不同的设置和选择;而同一个癌症内选择不同的设置,对应数据也可能有所不同,例如Breast Cancer可设置界面(见下图)明显区别于上方的Ovarian Cancer界面。值得高兴的是,网站每个设置的相关解释简明易懂,按照提示选择需要的设置进行分析即可。

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4.简单小测

小编选择了ANLN基因(拓展链接:基于多数据集分析ANLN在宫颈癌所起到的功能) 在Ovarian Cancer芯片数据中进行OS生存分析,参数和结果见下图,一秒出结果!


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  • 发表于 2019-04-04 13:28
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  • 分类:软件工具

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Daitoue
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