提取进化树中基因的顺序
提取进化树中基因的顺序
进化树中基因是有顺序的，有些时候我们会需要用到这个基因列表，如果，手动来做就会比较麻烦。哪有什么快速的方法吗？
其实有的，进化树的nwk文件中就有基因的顺序：如下：
(chicken,((mouse,rat),(chimp,human)));
能够发现图中枝的顺序就是nwk文件中的顺序，这样我们只需要提取这个顺序即可。这里我写了一个脚本，如下：
用法：
perl nwk_geneid.pl -i in.nwk -o out.txt
in.nwk 为输入的nwk文件，out.txt是输出的基因ID文件。
脚本代码；
use Getopt::Long;
use strict;
my %opts;
GetOptions(\%opts,"i=s","o=s","h");
open(IN,"$opts{i}") || die "open $opts{i} failed\n";
open(OUT,">$opts{o}") ||die "open $opts{o} failed\n";
while(<IN>){
chomp;
my $str = $_;
$str =~ s/\d\.\d+//g;
$str =~ s/\(//g;
$str =~ s/\)//g;
$str =~ s/://g;
$str =~ s/;//g;
my @line = split(",",$str);
print OUT join("\n",@line);
}
close(IN);
close(OUT);
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- 发表于 2019-04-26 13:38
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- 分类：perl
