affymetrix芯片未标准化数据分布
获取芯片原始数据得到为标准化的数据，需要查看原数据的分布情况，可以通过多种方法获得分布图片。 以affy包ReadyAffy()读取CEL结果：AffyBatch对象为例（GSE66196） 1、箱线图：基于boxplo...
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- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 14:46
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Daitoue
omicsgene
microRNA
芯片原始数据标准化的几个包的安装
芯片原始数据下载后进行质控标准化除了基于相关的软件外，也可以利用bioconductor的几个包，不过需要注意介于R版本的问题，包的安装基于install.packages可能安装不成功。
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- Daitoue
- 发布于 2018-12-07 10:38
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从基因组注释信息GFF文件中提取所有基因位置信息-AWK
从基因组注释信息GFF文件中提取所有基因位置信息-AWK
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- omicsgene
- 发布于 2018-12-03 16:47
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bio-linux安装包下载链接
biolinux安装包下载链接：https://pan.baidu.com/s/1ui9ndOsjbtgHrJoxxOcTMQ
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- 红橙子
- 发布于 2018-11-28 19:34
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红橙子
proteusTMT 分析蛋白质组数据时，meta文件的格式是怎么样的？
proteusTMT 分析蛋白质组数据时，meta文件的格式设置非常重要
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- microRNA
- 发布于 2018-11-23 16:14
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R语言sort()与order()
基于sort()或者order对向量元素排序：返回排序后的向量，后者返回原排序后的索引 例如基于向量A操作（A也可以是数值型)： > A=c("A","B","D","C","H","J","E") 1、sort sort(x, decrea...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-23 15:43
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安生水
GEO数据与WGCNA--挖掘胶质瘤共表达网络的关键模块与通路
加权基因共表达网络（WGCNA）可以利用基因表达数据，构建出加权的基因共表达网络，从而挖掘协同表达的基因模块，探索基因模块与性状之间的关系。 这种分析方法在生物研究领域中被广泛使用，以...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-23 12:45
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获取关系矩阵（WGCNA)
在进行WGCNA分析的过程中需要基于表达矩阵转换关系矩阵，结合power值构建邻接矩阵，并由此构建TOM矩阵最终构建网络。在代码实现的过程中往往： 1、计算power值 2、基于power直接利用adjacen...
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- Daitoue
- 发布于 2018-11-23 10:11
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