PASA报错:unique constraint failed: asmbl_link.asmbl_acc, asmbl_link.cdna_acc

通常会从同源、转录组、从头三个方面进行基因结构注释,其中PASA是转录组注释的常用软件。 报错: 把三代转录组数据投入PASA是出现报错:unique constraint failed: asmbl_link.asmbl_acc, as...

通常会从同源、转录组、从头三个方面进行基因结构注释,其中PASA是转录组注释的常用软件。

报错:

把三代转录组数据投入PASA是出现报错:unique constraint failed: asmbl_link.asmbl_acc, asmbl_link.cdna_acc

attachments-2024-09-XGkq5H5Q66fa3617edd74.png

报错原因:

1. 转录本fasta文件存在名字相同的序列

2. 转录本序列名字中存在"/"

解决方法:

如果是名字中存在"/",采用sed修改即可

sed -i "s/\//-/g" fa文件

0 条评论

请先 登录 后评论
Ti Amo
Ti Amo

44 篇文章

作家榜 »

  1. omicsgene 693 文章
  2. 安生水 341 文章
  3. Daitoue 167 文章
  4. 生物女学霸 120 文章
  5. 红橙子 78 文章
  6. xun 76 文章
  7. rzx 74 文章
  8. CORNERSTONE 72 文章