circos改变某两条染色体之间的距离

circos改变某两条染色体之间的距离


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circos提供了一个圆形的整体布局,用于展示染色体的数据,每条染色体可以看做圆上的一段弧。通过染色体到圆心的距离来定义染色体的位置。具体的就是通过radius参数进行定义。

在circos中,关于这个参数的值,提供了两种定义的方式;

绝对值定义

绝对值的是通过像素定义,对应的后缀为p,代表pixels。比如radius  = 1000p

相对值定义

相对值对应的后缀为r,代表relative的意思。在etc/image.generic.conf文件中,定义了参照的radius

radius of inscribed circle in image
radius         = 1500p

所以我们在配置文件中定义的radius  = 0.80r, 实际等于0.8 * 1500 = 1200 像素。

染色体之间的间距通过spacing 这个block 进行定义,default参数设置所有染色体之间的默认距离。

如果你希望改变某两条染色体之间的距离,可以通过pairwise这个block, 用法如下:

<ideogram> #染色体绘制设置
    fill=yes   #是否填充颜色
    label_font=default
    label_parallel=yes
    label_radius=dims(image,radius)-60p
    label_size=45
    radius=0.95r  #设置半径,以免基因名称过长超出显示范围
    show_label=yes
    <spacing>
        default=0.005r
        <pairwise chr01;chr12>
            spacing= 10r
        </pairwise>
    </spacing>

    stroke_color=dgrey
    stroke_thickness=2p
    thickness=0.03r
</ideogram>
通过染色体的ID 指定具体的两条染色体,之间用;分隔,然后通过spacing参数进行定义它们之间的距离。
需要注意的是,这里采用的相对值的定义方法,上面例子中的 20r代表的是相对default是20倍的距离,所以使用相对值时,一定要理解相对的参照是哪一个。





  • 发表于 2024-09-23 15:15
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  • 分类:软件工具

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安生水
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