筛选:  最新的 推荐的 热门的

SURVIVOR工具进行结构变异结果文件的格式转换（bedtovcf）

结构变异结果文件格式转换工具——SURVIVOR

seqkit计算基因组大小

seqkit计算基因组大小

  • 0
  • 0
  • 安生水
  • 发布于 2023-11-08 10:21
  • 阅读 ( 549 )

break报错

break报错

  • 0
  • 0
  • 安生水
  • 发布于 2023-12-06 14:47
  • 阅读 ( 546 )

Bowtie2使用方法与参数详细介绍

对参考序列构建indexbowtie2-build genome.fasta index尝试使用前10000个reads进行比对bowtie2 -u 10000 -p 8 -x index -1reads1.fq -2 reads2.fq -S out.sam使用8个线程进行比对bowtie2 -p 8...

  • 0
  • 0
  • rzx
  • 发布于 2023-10-18 17:58
  • 阅读 ( 539 )

CLUMPAK安装

CLUMPAK这个软件很古老,安装起来也很麻烦,记录一下https://tau.evolseq.net/clumpak/download/CLUMPAK.zip 安装包下载路径解压以后添加库的位置到环境 export PERL5LIB=path/CLUMPAK:$PERL5LI...

  • 0
  • 0
  • xun
  • 发布于 2024-01-26 17:02
  • 阅读 ( 536 )

pip_search，pip search 的替代品

pip search 崩溃以后，各种payhon模块和软件的管理变得异常困难不过还是有一些不错的替代品的

  • 0
  • 0
  • xun
  • 发布于 2023-07-10 10:00
  • 阅读 ( 532 )

一行代码检查GWAS分析中表型数据的错误

  • 0
  • 1
  • 星莓
  • 发布于 2023-12-13 10:56
  • 阅读 ( 528 )

BWA mem比对报错 paired reads have different names 解决

问题： 在用BWA进行序列比对时出现：[mem_sam_pe] paired reads have different names: "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:2582:12633:UMI_AAT_GTA", "A00920:973:H5GWJDSX3:2:1103:1624:12633:UMI...

  • 0
  • 0
  • 星莓
  • 发布于 2023-11-16 13:49
  • 阅读 ( 522 )

vscode更新导致低版本系统无法登陆的问题

fa最新版vscode登录时会报错,因为一些系统基础软件版本太低了,所以如果不想回退版本,就需要更新一下 ▶ ldd --version #来看一眼自己的glibc版本 ldd (GNU libc) 2.37 Copyright (C) 2023...

  • 0
  • 0
  • xun
  • 发布于 2024-02-02 14:24
  • 阅读 ( 503 )

ls常用参数及ls只列出部分目录或文件

ls 只列出部分目录或文件

  • 0
  • 0
  • 星莓
  • 发布于 2023-09-13 14:36
  • 阅读 ( 501 )

RagTag：同源锚定延伸

RagTag是一个集合功能的软件可以用来构建scaffold、提升基因组组装质量

  • 0
  • 0
  • Ti Amo
  • 发布于 2023-10-25 13:35
  • 阅读 ( 488 )

超快的文件传输软件trzsz

对于服务器而言,和本地的文件互相传输是家常便饭,scp虽然快速,但是毕竟要打很多字,有点麻烦,lrzsz十多年没跟新了,所以我推荐了这个软件trzsz用法和lrzsz差不多,也有额外的功能,有需要自己看帮助...

  • 0
  • 0
  • xun
  • 发布于 2024-01-09 10:56
  • 阅读 ( 478 )

使用fastp软件对fastq文件进行剪切

使用fastp软件对fastq文件进行剪切

  • 0
  • 0
  • 安生水
  • 发布于 2024-02-22 17:33
  • 阅读 ( 451 )

近期常用命令记录——比对并提取fq，ncbi下载并转化为fq，序列提取等

记录近期常用命令

  • 0
  • 0
  • 星莓
  • 发布于 2023-10-18 13:37
  • 阅读 ( 436 )

BaiduPCS-Go上传经常出错

使用BaiduPCS-Go上传文件经常出现错误,检查一下版本 直接使用软件自带的不一定下载成功 ,所以手动下载一下,这个版本直接解压就行,有需要的可以下一下,不需要编译了, BaiduPCS-Go-v3.9.5-li...

  • 0
  • 0
  • xun
  • 发布于 2024-01-02 15:54
  • 阅读 ( 433 )

lnd无法下载样本名称含有+的数据

linuxnd linuxnd是linux系统下载诺禾致源测序数据的软件，其基础功能如list、cp、cp -d 已经在这篇文章中给大家列出： https://www.omicsclass.com/article/2084 错误的产生 该软件在遇到...

  • 0
  • 0
  • Ti Amo
  • 发布于 2024-01-31 10:52
  • 阅读 ( 430 )

Linux批量修改文件名

对于在Linux中修改文件名的方式一般我们会用mv命令进行修改，但是mv命令是无法处理大量文件修改名称。 在处理大量文件的时候该如何进行批量修改呢？ 方法一：mv配合for循环方式进行修改 方法二：sed命令 方法三：rename命令

  • 0
  • 0
  • 星莓
  • 发布于 2023-09-06 15:02
  • 阅读 ( 429 )

python2运行lefse软件的时候报错

使用python2运行lefse软件的时候报错这是因为当前LEfSe依赖的R包rpy2的版本与你的R版本不兼容，你可以尝试更新一个rpy2的小版本，比如我更新了 pip2 install rpy2==2.8.6 随后就可以直接使用...

  • 0
  • 0
  • xun
  • 发布于 2023-05-12 18:06
  • 阅读 ( 400 )

使用picard对参考序列建索引时报错“java.lang.IllegalArgumentException: File is not a supported reference file type”

报错：Caused by: java.lang.IllegalArgumentException: File is not a supported reference file type

  • 0
  • 0
  • rzx
  • 发布于 2023-10-13 10:53
  • 阅读 ( 381 )

运行Linux版本ProteoWizard中的chainsaw工具时报错

chainsaw工具，用于预测蛋白序列的酶切结果 运行命令： chainsaw test.fasta 报错： locale::facet::_S_create_c_locale name not valid 解决： 在当前环境中运行命令 export LC_ALL=C;...

  • 0
  • 0
  • rzx
  • 发布于 2023-09-27 15:02
  • 阅读 ( 367 )