PCA - 组学大讲堂问答社区

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跟着文献学做图 | 用蛋白质序列做主成分分析（PCA）

提到主成分分析，一般我们都是使用Plink，GCTA等软件基于SNP数据来操作，那么如果我们用蛋白质序列，能不能做主成分分析，如何做呢？答案是可以做，让我们一起来学习怎样做出与文献一样的图吧~

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星莓发布于 2022-11-03 16:49

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使用DNA序列做主成分分析（PCA）——R语言adegenet包

提到主成分分析，一般我们都是使用Plink，GCTA等软件基于SNP数据来操作，那么如何用DNA序列做主成分分析呢？思路是先比对，之后使用R语言的adegenet包把比对的数据转换成snp数据，用到的函数是fasta2genlight()，再进行PCA分析及绘图。

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星莓发布于 2022-10-31 11:33

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主成分分析（PCA）如何计算方差解释率

我们常看到的PCA图中，每个成分都对应了每个特征方差贡献率。通常，求得了PCA降维后的特征向量，我们就可以绘图，但各个维度的方差解释率没有得到，就无法获得PC坐标的百分比。（文...

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星莓发布于 2022-09-02 11:05

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群体遗传进化PCA分析

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omicsgene 发布于 2021-09-01 13:47

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PCAI型标尺与II型标尺

I型标尺与II型标尺

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omicsgene 发布于 2020-12-02 22:13

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R语言补齐缺失值进行聚类分析 PCA分析

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omicsgene 发布于 2020-11-29 20:04

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envfit()的线性拟合：非约束排序（PCA、CA、PCoA、NMDS）

非约束排序（PCA、CA、PCoA、NMDS）中被动拟合解释变量

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omicsgene 发布于 2020-11-22 20:03

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GCTA 分析PCA

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omicsgene 发布于 2020-10-12 15:41

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统计不同样品-生物学重复基因表达量数据合并和绘图统计

处理统计RNA-seq 表达量数据，绘制柱状图，PCA散点图，还有不同样品表达基因维恩图。

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omicsgene 发布于 2018-06-28 23:52

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R语言对基因表达量数据RNA-seq做PCA分析

PCA(principal component analysis )主成分分析，可以分析样品之间相关性，确定样品总体上的差异，或者查看是否有批次效应等

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omicsgene 发布于 2018-06-04 15:21

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排序分析PCA、PCoA、CA、NMDS、RDA、CCA等区别与联系

降维排序分析方法包括：PCA、PCOA、CA、DCA、NMDS、RDA、CCA等等还有很多，理解他们的区别与联系才能熟练运用。

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omicsgene 发布于 2018-05-29 13:00

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微生物PCA分析和PCOA分析差别

PCA pcoa分析取舍

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omicsgene 发布于 2018-05-15 18:01