一、显示行号 命令模式输入 :set nu或:set number Tips:如果要设置每个打开的文件都默认显示行号,则使用vi编辑~/.vimrc文件或者/etc/vimrc文件,在该文件中加入一行set nu,保存并退出...
三代测序在检测基因组结构变异方面有着很大的优势,但是由于数据分析算法、软件还处于不断开发更新中,当前还没有公认推荐的软件。这里为大家推荐一款国人开发的三代数据SV检测软件—cuteSV。该...
Rush(Rapid Utilities SHell)是一款强大的并行任务执行工具,专门设计用于在Linux或Unix环境中进行批处理任务。该工具的设计初衷是为了使并行处理和任务管理变得更为简洁明了,同时具备灵活性...
按物种拆分blast本地库
基因组组装过程中会得到草图的scaffold,需要进一步进行gaps的关闭。TGS-gapcloser 是华大基因开发的,一个利用其他组装或是长度长测序数据对草图进行gap填充的一款软件。
使用vcftools对vcf文件做滑窗处理
代谢组数据上传NGDC!简单又快捷!
计算RNASeq 的Power值
TRF网站是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件,无需安装,使用简单方便,同样适用于细胞器基因组的串联重复序列鉴定。 https://tandem.bu.edu/trf/trf.html
在使用最新版本Maxquant(MaxQuant 2.4.3.0)进行蛋白质搜库的时候,点击开始之后,会弹出一个弹窗,如下: 提示.NET Core SDK需要更新。 .net core 3.1更新教程: 进入下载网址:https://do...
blast 建库报错:blast options error: *.fa does not exist
在做SV、CNV变异检测时,会使用SURVIVOR将不用样品的vcf文件合并到一起,命令如下: ls *.max.vcf >sample_files && /share/work/biosoft/SURVIVOR/SURVIVOR/Debug/SURVIVOR merge...
Linux环境下从百度网盘上传、下载数据 bypy upload -v
绘制HIC热图
叶绿体或线粒体重复序列圈图绘制
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DIAMOND建库报错
在使用linux中的sort命令排序时,免不了有p值是科学计数法的情况 可以使用-g参数来对科学记数法的值进行排序,而且默认是从小到大排序。 以下是其他常用参数:
运行命令makeblastdb -in all.pep.fa -dbtype prot -title all.pep.fa 时卡住报错,生成all.pep.fa.pdb-lock 空文件。 解决:makeblastdb 工具版本问题,从2.13.0版本改成2.6.0版本,就可以...