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5 关于构建进化树的序列问题

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5 老师，我用的拟南芥示例文件，完全按照老师讲解的步骤，但是在新构建.hmm文件后，再用hmmsearch搜索家族成员时报错是怎么回事？

  • liu 2019-01-13 21:34
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5 关于pip install RSeQC的安装

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一个基因家族中的每个基因有多个转录本，如何取舍？

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5 老师你好，我想问下，在做基因家族分析时，我的无参转录本里的unigene是核苷酸序列，不是蛋白质序列，这种情况应该怎么办呢？

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5 你好，请问你是做无参转录组基因家族分析吗？我想请问下，你做基因家族成员鉴定时，用的哪个文件，我看到那个课程里用的是蛋白质序列，但是我的转录本unigene里面是核苷酸序列，请问你是用什么文件做的基因家族成员鉴定呢？

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8 氨基酸序列比对之后，gaps太多，mega一直出错，删除之后依然如此，如何很好构建系统发育树

  • 2019-01-11 23:02
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5 老师好，在基因家族分析课程视频里，鉴定基因家族成员时，里面实操用的是基因组的蛋白质序列（pep文件），然而我自己的实验数据是无参转录组，我想问下，我应该用什么文件来鉴定基因家族成员呢？我看到之前有类似问题的答案是unigene或者蛋白质序列，两者有什么区别呢？

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5 做完GWAS分析有必要做转录组测序进行关联验证么？

  • 2019-01-11 16:27
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老师，你们好 请问怎么知道一个植物的基因组是否测序？比如芦苇的

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5 预测启动子顺势作用原件

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基因结构分析

  • 2019-01-11 11:08
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5 在 “微生物OTU网络图绘制(Cytoscape)”课程中，二分网络图中，除了找出每个组特有OTU外，如何通过filter找出组间“共有的”OTU，并用其他颜色显示？

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GEO数据的处理问题（没有NCBI官方注释文件情况）

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基因家族全基因组文件如何选择？条目太多，不知哪个是教学中讲解的protein.all文件/cds.all文件/cdna.all文件？还望老师讲解一下每个文件中具体包含的是哪些信息？衷心感谢！

  • Tong 2019-01-10 21:12
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无参转录组结果中，组装的转录组本有预测的蛋白序列吗？在什么位置？

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5 老师，您好！我在网易云课程上学习《微生物16S/ITS/18S/分析原理讲解》课程，我想自己操作，我想跟您要原始数据、qiime命令和R绘图代码可以吗？

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数据分析

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TCGA数据库下载基因表达数据TXT文件

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5 想请教下，就是我测了种子五个不同发育时期的转录组，想通过转录组数据中的表达量筛选出几个候选内参基因，用什么条件筛选呢？