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泛基因家族分析时，泛基因集构建与家族成员分析用的镜像不同，有区别吗

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老师，我正在执行泛基因及构建的12-30行的指令；视频中data数据中为gff的后缀，我的数据是gff3的，把他后缀改成gff重新上传一遍在执行这条指令吗？

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5 请问利用jcvi整理泛基因列表，做JCVI做共线性分析时，一直提示/bin/bash: lastdb: command not found，是没有安装Last软件包吗？目前使用的镜像是购买课程时老师提供的，数据是26个玉米基因组数据（由于空间不足，只用了19个基因组）

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修改样本名称

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hmmsearch --domtblout ./${ind}.WRKY_hmmerOut.txt --cut_tc ./WRKY.hmm ./${ind}.gene.pep.fasta;;我有两个结构域，需要如何更改呢？

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运行hmmsearch返回结果为空，后来再试时报错

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老师，为什么cds和pep提取不出来？提取出来是0

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我用Evolview做了一个进化树加热图的图，我怎么把图例里面的白色对应刻度0啊

  • 2025-02-10 22:30
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老师您好，有两个基因家族的PFAM号是一样的，是不是代表可以归类为一个基因家族

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#提取cds 用基因的id，作为序列的id；；1.这条指令如何修改，我想保留第一个pbr013511.1，这条指令只能保留中间部分 2.提取完cds和pep后，>DAnjou后面的内容，没有基因ID，ANQ为他的gff3文件 3.同样也是提取完cds和pep之后，>后面内容无基因id；DL为gff文件

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老师，这是某一个最长转录本的保留；；请问#Ensembl 下载的基因组 会在基因和mRNA ID前面加gene: 和 transcript:这里给去掉；；这条指令是不是对应下图中要删除掉ID后面的gene mRNA exon CDS等信息呢？

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如何确保.fa和gff3文件的染色体编号一致？手动修改吗；以下是两个基因组的gff和fa

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老师，保留最长转录本中，过程文件出现了take into account

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老师，保留最长转录本之后，提取cds和pep，过程出现这个界面，请问哪里有问题吗？

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老师，这个done之后不动了，开始运行了吗？如何判断呢？

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老师，软连接以后，我的样本名后面加了？这样对吗 在软连接时，我将Rstudio中的gz去掉了，因为我的data数据没有gz

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ls ../data/*.fa. |sed -e "s/.fa.//g" -e "s#../data/##g" > ../id.txt执行这条命令的时候，未能得到id.txt文件；2.想问一下：每次关掉putty的时候，都需要重新dockers run进入吗？3.软连接之后发现01.data prepare里面有玉米的数据了如何删除此01.data prepare？4.现在发现需要上传id.txt文件，将11个样本名输到txt文件里面，通过filezilla上传到data，再进行docker run？

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如何删除01.data prepare呢？

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我执行了#将基因组序列文件和注释文件批量链接到当前文件夹 cat ../id.txt|while read ind;do ln -s ../data/${ind}.fa.gz ./ ln -s ../data/${ind}.gff3.gz ./这条操作；在data中rm -f一条一条删除了里面的内容之后，将我的数据上传，执行这条操作之后，软连接的仍然是玉米的数据，而不是我上传在data里的数据

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新安装docker desktop为什么显示docker engine stopped