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10 老师您好，做基因家族分析有几个问题不明白想问问您：（1）实在找不到组装到染色体的基因组，可以用scaffold水平的画基因重复性图吗？会不会影响发文章 （2）能不能分析两个比较有相关性的基因家族或者结合转录组分析，增加一点文章接受几率？（3）用hmmsearch筛选蛋白，构建新模型，再筛选，筛出来200多个蛋白，但是alignment之后发现保守结构域差别很大，gap特别多，是出了什么问题吗？

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老师，请问一下，由于从NCBI下载的数据中的基因、蛋白和染色体名称的不同导致用你给的W.sh文件的脚本提取不出转录本ID，该怎么办？

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5 请教老师mcscanX作图问题

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mcscan/AT.blast文件的生成

  • Li 2020-03-04 07:47
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求助大佬，想做基因家族分析，目标物种在网上只有三个组装的基因组，JGI上和NCBI其中一个都没有组装到染色体层面，NCBI另一个组装到染色体了，但是没有gff文件和蛋白序列，这种情况应该怎么办？不能做与染色体位置有关的分析了吗？

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学习有参转录组分析中遇见的问题

  • 2020-03-03 23:37
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请问老师这种图用什么软件做的？将不同染色体上的同源基因用相同颜色表示

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用什么软件来分析IR边界

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30 TCGA中比如说我要下病例报告，slide，还有msi怎么下载?

  • 2020-03-03 09:41
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TCGAbiolinks下载“Copy Number Variation”在提取矩阵时报错（在下载miRNA和甲基化数据时也遇到这个问题）， expdat变量不是SummarizedExperiment这个类型，导致assay(expdat)不能提取，请问怎么解决

  • momo 2020-03-03 00:04
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请问老师用转录组分析得出的FPKM值做基因家族的基因表达量热图可以吗？

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KAKS格式转换

  • Li 2020-03-02 19:20
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请问老师TCGA不同的癌症可以一起分析吗？

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如何从已知的基因组里对特定通路上的基因进行筛选鉴定？

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关于entrezid问题

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我运行你在有道笔记中的GEO数据库分析遇到问题？

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你好，安装好Linux系统后，请问提取氨基酸序列的domain_xulie 的Perl脚本在哪里？

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老师，你好，安装好Linux系统后，请问提取氨基酸序列的domain_xulie 的Perl脚本在哪里？在script里没有找到该脚本。

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请问老师用McscanX做基因组内共线性分析，在准备family.ctl文件时，对染色体编号有撒要求没，我的染色体编号中还有chrA01,chrC01，以及chrA01_random,以及 chrAnn_random，我看有人说染色体编号只能有2个字母加数字，谢谢！

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$python2 -m jcvi.compara.catalog ortholog ath rapa --cscore=0.7这一步报错

  • 2020-03-02 12:33