20 今天python版本的MCscanX在用于比较基因组学分析时突然出了问题

更新一下细节:

问题应该出在lastdb这一步。是不是blast出了问题?关键是我一个月之前还能用的,中间重装了一次linux系统(还是用的组学大讲堂的装机包),但是这次用就不行了。

生成的last文件为空,关键是原来可以跑成功的cds文件和bed文件这次也不行了,汗...

attachments-2020-06-iLXlkhXa5ef1de0a482da.png



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(以下原回答)

原来是用都好好的;

但是今天用的时候用原来一样的.cds和.bed文件却一个anchor都找不到了;和原来一样的操作步骤也不行。。。

不知道为什么?

这是命令行:/biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.compara.catalog ortholog Oryza_sativa Zea_mays --cscore=0.7

这是报错:


attachments-2020-06-J3oKdGz55ef15d8f7204e.png


以下是输入文件:

.bed:

Os:

attachments-2020-06-U12NhFe55ef1766779c60.png

Zm:

attachments-2020-06-hLuI2JzD5ef17689e3e5d.png


.cds

Os:attachments-2020-06-qfyZaWxU5ef17716c7318.png

Zm:

attachments-2020-06-86BgJ0UQ5ef176afaf2b7.png

attachments-2020-06-I18ohuKX5ef176dabbd9e.png

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最佳答案 2020-06-23 19:17

问题已解决;

根据组学大讲堂提供的MCscanX的安装方法(https://www.omicsclass.com/article/284);重新下载了lastdb加入到环境变量中。

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其它 1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

看你的文件格式应该都对的额,

你检查一下你两个bed文件最后是不是又空行,如果又得话空行删除一下试试; 

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  • 苏麟-WSL 提出于 2020-06-23 09:41

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