RNAseq有参转录组数据自主分析课程,在建立基因组索引的时候出现如下问题

网易云课堂《RNAseq有参转录组数据自主分析课程》第4课时,建立基因组索引,运行的命令,sh $scriptdir/index.sh Homo_sapiens.GRCh38.dna.chromosome.22.fa Homo_sapiens.GRCh38.99.chromosome.22.gff3,在服务器上运行,最后获取gene length时候出错:

get gene length and gene.bed from gtf:

RUN CMD: python /home/zpp/work/my_rnaseq/scripts/get_gene_length_from_gtf.py -g Homo_sapiens.GRCh38.99.chromosome.22.gtf -p gene_length

Traceback (most recent call last):

  File "/home/zpp/work/my_rnaseq/scripts/get_gene_length_from_gtf.py", line 49, in <module>

    if kvs['gene_id'] in geneL and kvs['transcript_id'] in geneL[kvs['gene_id']]:

KeyError: 'gene_id'

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

我这边运行是没有问题的,  建议用我们提供的docker镜像进行分析转录组实操课程; 

我们打包好的docker镜像里面安装了很多软件.如果不用我们提供的docker镜像分析,由于软件安装环境问题会报错;


请在自己的linux服务器中安装docker工具,参考课程:https://www.omicsclass.com/article/1181




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zhanggavin2015

老师,您好!能不能给一个单独的从gtf获取gene-length的代码。我在当地服务器运行的的时候课程后面内容都可以通过,总是过卡在获取genelength这里了,十分感谢

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