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5 基因ID和transcript ID 命名的方法不一致，导致了做出来的基因结构图出现了多个转录本结果 请老师指导，谢谢

  • FIFA 2019-07-24 19:02
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5 老师好，我在虚拟系统中筛选出53个基因，去两个网站上比对结构域，结果不同且差异较大，我选择了pfarm网站中的53个基因。但是再构建进化树时用邻接法却提示我序列差异太大，画不出来。然后我删掉了序列很短的基因6个。就画出来了。请问老师，我是应该筛掉基因还是用最大简约法画树。希望老师指导。谢谢！

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5 提取蛋白结构域序列文件出错

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5 MEGAx用MUSCLE比对时出现错误

1 解决

数据库里面没有对应格式

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5 Erro基因家族分析报错：TC bit thresholds unavailable on model domain；如何解决

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5 请教一下geneid2mRNAid文件生成出现的问题

  • Li 2019-07-21 15:47
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10 老师您好，我线下上过您的基因家族培训课程，目前在尝试用大豆基因组进行分析，但我发现从ENSEMBLEPLANT下载的基因组序列格式跟拟南芥的注释格式不一样，我已经尝试着进行了 一些编辑，但还是无法统一ID，麻烦您帮我解决一下这种基因组注释格式修改问题

  • 2019-07-21 14:38
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5 #运行MCSCANX 查找共线性 /biosoft/MCScanX/MCScanX/MCScanX mcscan/AT 出错

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5 第一次hmm搜索时可以搜索出序列，但是接下来一步提取结构域序列时出来的文件是空的

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5 提取不出来结构域序列

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5 你好，我想将GFF 文件里面ID中一些不必要的信息删除，请问应该怎么写命令呢？这个物种gff文件比拟南芥的gff文件要复杂的多

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5 基因家族分析预测顺势原件时，得到的Ptomoter文件中原来43个基因只有29个显示启动子序列，其余19个无序列信息

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hmm文件搜索问题

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如何将提取domain的脚本修改为提取所有domain？

1 解决

10 在使用bio-linux中的meme分析蛋白保守结构域的时候出现问题。

  • dec. 2019-07-10 10:43
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我的hmmsearch结果第一列（target neme）不是geneid 也不是转录本id

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利用perl脚本去除重复的hmmer搜索的转录本ID，多个转录本ID保留一个作为基因的代表

2 解决

5 您好，我想问下如果我的基因家族有两个结构域，两个pfam号，我应该怎么筛选呢？？

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老师您好，我在运行多个基因组共线性时出现报错，mcscan_layout文件里的输入的文件也都正确，在当前目录下，不知道是什么原因