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比较基因组学分析时报错，无法生成 anchors文件

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脚本参数--minsize=0 --minspan=30

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5 老师您好，文件共享挂载出现错误应该怎么解决呢？

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基因家族分析，用CDD确认结构域的时候，根据统计的表格，怎么找到那些未匹配到相应结构域的基因或者序列是哪个？

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在基因家族分析的时候，结构域的筛选E-value值的时候，选取小于0.0001，运行命令，结果中并没有排除掉一些大于该值的序列，3.4e-05到底等于多少，是3.4乘以e的-5次方还是3.4e的10的-5次方

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利用Linux制作circos配置文件时，result文件无数据

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请教老师，用自己的hmm文件，进行了domain的二次搜索，结果如下图所示。结果显示仍然会有很多只是匹配了一部分序列片段。我用这些部分比对上的结果截取序列后，再三大数据库对比发现也存在我想要的domain. 现在的问题是，如果要这些部分的结果截取序列，做进化树就会差异太大。如果不要部分比对上的，又怕少了家族序列。只有一部对比上的，到底如何取舍呢？这样的情况如何处理，有没有相关的标准？谢谢

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基因组间共线性分析

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请教老师，用自己的hmm文件，进行了domain的二次搜索，结果如下图所示。结果显示仍然会有很多只是匹配了一部分序列片段。我用这些部分比对上的结果截取序列后，再三大数据库对比发现也存在我想要的domain. 现在的问题是，如果要这些部分的结果截取序列，做进化树就会差异太大。如果不要部分比对上的，又怕少了家族序列。这样的情况如何处理，有没有相关的标准？谢谢

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植物的MADS-box基因家族

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老师，我在重新描述一下问题，mascanx方法和BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对，数目不一样，是不同算法的不同结果是吗？做CIRCOS圈图时， 可以用BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对来做吗？我BLAST方法筛出来的串联重复等数目更多一些。

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MCSCANX和KAKS计算出的共线性对数目不一致，虽然用的都是70%同源性。这合理吗？如果用KAKS计算出的基因对做circos圈图合理吗？

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老师好，想请教一下，如果拟搜索的家族是一个超家族，序列长度较长，比如图，463bp。用hmmsearch后，hit到的结果里面的hmm coord from to 是存在好多的一部分的片段，比如310~460的部分片段，但是E值很小。请问这种hit结果如何筛选？如何建立自己的隐马科夫模型？谢谢

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计算串联重复时，满足两个大于75的标准，但是不在一条染色体上，也不属于片段重复（MCscanx结果显示）。请问这种情况属于什么重复方式？

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5 物种内共线性对数太少调节哪个数值可以多一些？

1 解决

10 s

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老师，请问在进行共线性分析时，出现ValueError: A total of 0 anchor was found. Aborted.是什么原因呀？

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老师您好，有个基因家族鉴定分析的问题想咨询您

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基因与mRNA的对应关系（两个，一个mRNAid_to_geneid，一个geneid2mRNAid），两个文件一般都是相等，那不相等的话意味着什么呢？

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怎么在linux服务器上安装bioperl，以及Bio：SeqID 模块，非root权限