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比较基因组共线性作图疑问

  • Iron 2020-04-30 10:08
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怎么利用公开的转录组做基因家族的表达分析，还有GEO和SRA的区别是什么？

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请问：在做基因家族分析时，只有基因组的fna，和gbff文件，怎么找它的cds和pep呢

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对基因家族里面所有的成员进行kaks计算，而不仅对串联重复基因进行kaks计算有意义吗？

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老师，可不可以把整个基因家族全部基因的算KA ks，计算选择压力

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5 做基因组间共线性时用下面这个命令进行过滤，我想问一下这个命令在写文章的时候怎么描述呢？

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blast比对之后

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GSDS网址定位问题

  • 大k 2020-04-25 22:28
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请问提取基因CDS位置时，用蛋白序列ID（NP开头）无法提取，但是用mRNAID（NM）可以提取？

  • 大k 2020-04-25 22:21
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基因家族鉴定

  • Jan. 2020-04-25 18:54
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Can't open perl script "script/get_fa_by_id.pl": No such file or directory 老师请问这是什么原因呢？

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老师好，请问在做McscanX分析时，从gff提取的geneID与pep.fa文件的ID不一样，无法提取出蛋白序列，那怎么办？

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MAGE建树问题

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NJ法和ML法建树大大不同

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3 结构域建树

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请问这两个基因ID不同是有什么区别吗？在后面做筛选的时候，就只能出来基因ID短的，这些基因ID长的筛不出来的原因是什么呢？希望可以回复下

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老师，麻烦问一下制作基因结构图时，gene_exon_info.gff文件始终为空的，

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想请问一下老师，出现这个怎么解决？

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老师好，有关blastall参数的问题！

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请问老师，如果想做某个基因家族在不同物种之间的进化树怎么做，基因数量太多，无法构建基因的进化，应该如何构建物种进化呢？？