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基因家族建树

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老师您好，利用per脚本去除重复的转录本那一步我执行perl script/select_redundant_mRNA.pl mRNA2geneID.txt PTR2_domain_new_out_selected.txt PTR2_remove_redundant_IDlist.txt命令之后得到的文件中只有一行，和老师讲的格式完全不一样，如下图，我也截图了我的gff文件您看是因为它的原因吗？不知道该怎么解决了，请求老师指点一下

  • Jc 2021-12-14 21:08
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circos作图

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老师。我在做mcscan时说是打不开这个java，这是怎么回事啊

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老师，我在做这一步是老是显示404not found,这是怎么回事啊

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老师我在做mcscan时，生成AT.blast很长时间都出不来

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老师，您好，我有一个问题不知道怎么解决，想要问您一下 我在学习基因家族分析的课程中，按照课程对WRKY家族分析，最后将WRKY_pep_need_to_confirm.fa文件输入CDD检测时和老师得到的结果不一样，一个domain都没有搜到，用smart搜索结果是和老师做的一样，为什么用CDD搜不到呢？图片中是我搜到的结果，右边框框中都是零，我换了老师做出来的这个文件搜索也是这个结果，这是为什么呢？

  • Jc 2021-12-08 20:03
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docker gene-family image 执行时perl脚本不出现

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老师 我在做共线性分析时配置文件怎么准备啊，share里边空的

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老师，我利用circos做基因共线性绘图时，第一步准备绘图数据文件时为什么生成的两个文件是空的？

  • 2021-11-26 09:11
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5 circos 字体大小与比例问题

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利用perl script/get_gene_weizhi.pl -in1 new_like_pep.id.txt -in2 westar.v0.gff3 -out DA1_weizhi.txt 提取位置信息后得到的txt里面没有东西，请问是为什么呀

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Circos画图时，想把连接的线换成不同的颜色，配置文件怎么改，基因ID的颜色怎么改？

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老师我的基因结构分析structure，得出的gene_exon_info.gff是空的

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老师您好，基因家族分析,已有文献对某基因家族进行了命名,但是使用新版本的基因组数据发现有一些新成员,想要重新用新版本分析一遍,需要重新把所有的命名吗?还是只针对别人的基础上命名新成员,该如何命名

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基因家族鉴定中，第一步双向比对获取可能的家族成员，与拟南芥的某个家族比对时TBtools需要设置其他限制选项吗？

  • WWFF 2021-11-16 23:22
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基因串联重复

  • 2021-11-16 22:36
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KaKs_Calculator2 安装和使用求助, make 后产生错误，请问该怎么解决呢？

  • 2021-11-16 17:33
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5 老师，我在运行MCSCANX查找共线性时，为什么显示没有结果呢？

  • 2021-11-16 13:19
1 解决

5 请问，首次使用MCscan (Python version)可视化作图时，没有mcscan_seqids和mcscan_layout文件，该怎么创建这两个配置文件呢？自己创建的配置文件运行后，结果文件有问题

  • 2021-11-13 18:34