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基因家族成员命名问题

  • 2021-08-24 11:34
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老师好，这是我在绘制圈图时出现的一半有数据，一半没有数据，反复检查文件之后，并未发现问题的地方，麻烦老师看一下

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老师，我想问一下为什么我的共线性分析的圈图一半有数据，一半没有呢 circos

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老师，我在提取gene_exon_info.gff文件提取时运行正常，但是提取的结果不完整是为什么？有200多个基因但只提取出来几十个基因的信息

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老师，我从文献查找到了基因ID，类型是这样的：LOC_Os01gll200.1，然后到“Myb_DNA-bind_4_domain.fa”文件中去查询，而domain的ID类型是这样的，我该怎么做才能对应起来？

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5 鉴定同源基因的orthoMCL和OrthoFinder在结果上有什么区别嘛？谢谢各位老师啦~

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老师，这是我在做共线性分析最后一步出来的结果，但我看不懂，麻烦您解答一下

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MEGA构树NJ法出现的问题

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老师你好，在家族分析中，用tiquxulie.pl脚本提取序列时，总是报错，看了前面他们做的，我拆成每条染色体进行提取，但还是不行

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mcscanx

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你好，家族分析时要求把序列和进化树上传到tree base数据库中，有上传过的吗？

  • we 2021-07-26 16:21
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50 老师你好，在家族分析中，用get_gene_weizhi.pl脚本提取序列位置时，每次提取的都是空文件，后来发现蛋白的ID和基因的ID不同，不知道怎样解决希望老师指点一下，不胜感激！！

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老师，我在用TBtools做共线性的时候orange_NAC_genePos.tab.txt这个文件不合适，该咋解决

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老师，在做共线性分析的时候，如何把基因ID放在圈图的外面

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无法下载MCScanX-transposed

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老师，我在做进化树，motif,基因结构图的时候出现下面的问题，该如何解决

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老师，我在做基因结构的时候后面的基因ID先显示出了内含子（红线部分），这种情况合适不

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老师，我在做共线性的时候遇到下面的问题，该如何解决

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获取基因与mRNA的对应关系，注意文件中的位置mRNA的位置； #perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt

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老师，我在做基因结构图的时候出现下面的问题，该如何解决