gff文件中缺少基因gene注释信息行，导致gtf文件不标准，出现报错KeyError: 'gene_id'，使得后续无法获取gene_length.txt文件。可以重新找一个存在gene注释信息的基因组。也可以人为添加上相关信息，参考笔记：https://www.omicsclass.com/article/2081
RNAseq有参转录组数据自主分析课程 ，运行建立基因组索引命令时，报错，无法获取gene_length.txt文件，请问是什么原因？如何处理呢？
根据RNAseq有参转录组数据自主分析课程 ，运行建立基因组索引命令时，报错，无法获取gene_length.txt文件，请问是什么原因？如何处理呢？另外，得到的exons.tsv和splicesites.tsv文件是空的，请问这种情况正常吗？
运行代码：sh $scriptdir/index.sh Toona_sinensis.genome.fasta Toona_sinensis.gene.gff
报错信息如下：get gene length and gene.bed from gtf:
RUN CMD: python /work/TS/scripts/get_gene_length_from_gtf.py -g Toona_sinensis.gene.gtf -p gene_length
Traceback (most recent call last):
File "/work/TS/scripts/get_gene_length_from_gtf.py", line 53, in <module>
if kvs['gene_id'] in geneL and kvs['transcript_id'] in geneL[kvs['gene_id']]:
KeyError: 'gene_id'
基因组gff文件如下：
gff转化得到的gtf文件如下：
2 个回答
添加gene注释行后的gff文件如下：
报错信息如下：get gene length and gene.bed from gtf:
RUN CMD: python /work/TS/scripts/get_gene_length_from_gtf.py -g 0Toona_sinensis.gene.gtf -p gene_length
Traceback (most recent call last):
File "/work/TS/scripts/get_gene_length_from_gtf.py", line 53, in <module>
if kvs['gene_id'] in geneL and kvs['transcript_id'] in geneL[kvs['gene_id']]:
KeyError: 'gene_id'
RUN CMD: perl /work/TS/scripts/gtf2bed 0Toona_sinensis.gene.gtf >gene.bed
