老师请问一下我在做hic挂载练习的时候运行到使用bwa的aln和sampe进行比对，这里问什么不运用mem这个功能进行比对呢

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1 个回答

Ti Amo 2025-10-17 17:35

拓展性问题。Hi-C 数据中含有大量远距离（甚至跨染色体的）互作，插入片段可能非常大，bwa mem默认最大插入片段为 100kb，超过此值的比对会被错误处理。可以尝试，后续流程报错。