老师, 我的泛基因组中,有三个品系的基因组命名有“_”,如图所示。
所以我进行这个操作时那三个品系都被删除了,我应该怎么改一下"s/_/\t/g"|这个命令啊。
#提取基因的位置坐标信息
cat ${svgene}_gene.list|sed "s/_/\t/g"|while read -r gene sp; do grep "$gene" ../01.data_prepare/$sp.longest_isoform.gff3 >> ${svgene}.gff3;done
可以手动编辑新文件,将${svgene}_gene.list手动设置2列,再运行cat ${svgene}_gene.list|while read -r gene sp; do grep "$gene" ../01.data_prepare/$sp.longest_isoform.gff3 >> ${svgene}.gff3;done