泛基因家族-结构分析


老师, 我的泛基因组中,有三个品系的基因组命名有“_”,如图所示。

attachments-2025-10-EdQevFtl68fe083a2ad09.png

所以我进行这个操作时那三个品系都被删除了,我应该怎么改一下"s/_/\t/g"|这个命令啊。

#提取基因的位置坐标信息

cat ${svgene}_gene.list|sed "s/_/\t/g"|while read -r gene sp; do grep "$gene" ../01.data_prepare/$sp.longest_isoform.gff3 >> ${svgene}.gff3;done

请先 登录 后评论

1 个回答

rzx

可以手动编辑新文件,将${svgene}_gene.list手动设置2列,再运行cat ${svgene}_gene.list|while read -r gene sp; do grep "$gene" ../01.data_prepare/$sp.longest_isoform.gff3 >> ${svgene}.gff3;done

请先 登录 后评论
  • 1 关注
  • 0 收藏,31 浏览
  • 生信小白 提出于 1天前

相似问题