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老师，我正在做泛基因家族分析的系统发育树构建，构树过程中，出现以下的过程及警告，请老师帮忙看看是否正常，这些重新序列的编号是否有影响（序列对其修剪后有重复名称已去除），以及我下面的系统发育树这么多是否正常，还是需要筛掉一些？

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老师您好，我在运行collapse_samples.py这段代码用于物种注释时出错，出错信息为 qiime.parse.QiimeParseError: No header line was found in mapping file.请问该如何解决？

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老师 就是我在做基因流哪里的时候 出现啦下面的问题 需要怎么解决呀

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老师，构建泛基因列表使用的vcf文件，是下面图中的sv数据吗，下面表格包括了CHROM，POS，REF，ALT，TYPE，MAF,MIS，ANN，将这些数据整理成vcf吗？

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老师，在使用gemma模型的时候，报这个错是为什么呀

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从https://ricerc.sicau.edu.cn/下载的基因组和gff文件进行水稻泛基因分析出

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gff3_file_to_proteins.pl 报错

  • Dg 2025-01-14 22:00
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老师 我在做主成分分析的时候 出现下面这个错误 需要怎么解决呀，下面那张图是分组情况

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您好，想请教一下 linux中 R语言安装magick的包装不上的问题

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老师，进行结构变异分析时得到了tsv数据，请问需要转变为vcf文件吗？如果需要的话如何转变呢？

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单细胞测序，想要以选定的基因绘制2.2这样的图，应该怎么做

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怎么从泛基因组call SNP呢？

  • 2025-03-05 17:34
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Error response from daemon: Get "https://index.docker.io/v1/search?q=omicsclass&n=25": EOF 老师 您好， docker遇到这个问题咋这u里？

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GWAS做关联区域分析时，根据p值获取关联区域中，为什么要用如下语句以合并P值（此语句是2023.4.10日添加的） cat pvalue.bed region.bed |sort -k1,1 -k2,2n >all.region.bed 合并P值在获取关联区域的作用是什么，可否像之前录像讲的那样不用这个语句吗？

  • John 2025-03-12 15:34
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老师我在构建泛基因列表，合成last.txt文件，结果只有两列

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老师，您好，我正在泛基因家族分析，想问课程中用到的结构变异的vcf文件all_merge.vcf是泛基因组全基因组范围的变异吗，

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泛基因家族成员选择压力分析中，构建的热图，很奇怪，我需要如何更改？

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您好，想和您咨询一下，我用土壤样本测微生物宏基因组注释，40个样本，一共500g左右，想和您咨询一下，一定要用服务器吗，普通电脑96g运行内存有可能注释出来吗，感谢感谢

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宏基因组数据预处理问题

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重测序