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老师，我正在做泛基因家族分析中结构变异与基因结构和保守结构域分析，

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3 老师，在泛基因列表构建时，总共113个基因组，成功提取了最长转录本，提取bed文件，但提取cds文件时，有一个文件A10总是失败，不知道什么原因。

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GO富集分析气泡图怎么画

  • lw 2025-03-02 17:25
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sam文件转换成bam文件是不能识别头部信息

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泛基因，运行代码时出现错误

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IBD 计算2

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代谢组数据正态检验

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老师您好，我测定的是土壤微生物的宏基因组，在进行物种注释时选择的kraken的标准库，但注释出来可比对的物种注释率较低，好几个样本都低于30%，这样合理吗？如果不合理，我该如何解决呢？

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基因家族生信

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基因组重复序列注释使用的input.fa文件和注释后屏蔽的区域

  • tt 2025-04-29 12:11
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老师你好，我想问一下，我做基因家族分析，明明之前建了02.hmmsearch这个文件夹，并且做出来的东西也都放在里面，但是我在终端ll一下，显示total0，然后我新建进化树的文件展示已存在但我在文件夹里并没有找到

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测序文件中提取基因序列

  • bomm 2025-03-09 22:57
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泛基因家族分析结构变异与基因表达分析

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在筛选GWAS关联区域内的基因时（LDBlock），基因或者SNP与选定的显著关联区域有百分之多少的交集可以定义为关联区域内的基因或者SNP？视频中说是10%，视频说的10%请问通用吗？这个10%是如何计算的？

  • John 2025-03-12 15:32
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braker注释结果有问题

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老师您好，我在提取cds的时候报错了。他说第84行出错，然后我打开看了，感觉看不出什么问题呢老师

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老师，就是我在做结构变异分析那里，我重测序分析的个体只有36个 下面我用红色箭头指的那个参数和值为30的这两个参数设置为多少比较合适呀，谢谢老师

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宏基因组基因定量salmon

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想问一下泛基因组分析时，基因家族的鉴定中选择a个物种；SV分析是文章中构建的b个物种中的；转录组分析是c个物种中的；请问a受b，c的影响吗？a：能不能我找到13个基因组就在13个基因组里面分析呢？而b和c是文章中找到的，利用人家的数据分析自己的基因，这样的理解对吗？

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第一张图片为smart，没有查询到结构域。第二张图片为interpro，共有135条序列，最后显示结果为118。图3为CDsearch查询结果，为135条。最终形成的新的IDlist是不是以interpro为准，118个ID