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老师，我正在做泛基因家族分析，在构建泛基因列表时，整理完matrix.txt文件，进一步进行矩阵整理时，得到的pangene.txt为什么都是nogene呢，另外，我们老师，我正在做泛基因家族分析，在构建泛基因列表时，整理完matrix.txt文件，进一步进行矩阵整理时，得到的pangene.txt为什么都是nogene呢，另外，我们

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基因家族分析中的顺势作用元件分析问题

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这怎么添加ID或者是不是我下的文件的问题，那种文件是有ID的

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请问下你docker search omicsclass怎么解决的，我也遇到了一样的问题

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请问跟着教程做的时候，无法下载omicsclass/reseq:v1.1，老师您能提供一份在线下载链接吗？

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3 docker 安装

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老师，在泛基因集构建时JCVI的比对，出现以下错误

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老师，软连接以后，我的样本名后面加了？这样对吗 在软连接时，我将Rstudio中的gz去掉了，因为我的data数据没有gz

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基因型文件里面包含了snp和indel，怎么Indel和表型进行关联分析，是需要把vcf文件转换一下格式嘛，具体代码是什么，期待老师的解答

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老师，我想问一下，我正在学泛基因家族分析；自己的数据如何上传？是弄成压缩包的形式通过filezilla上传到data文件夹，覆盖之前上传的课程内容吗？

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请问下你docker search omicsclass怎么解决的，我也遇到了一样的问题

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宏基因组分析，用来分组的metadata格式具体是什么？

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文献给的下载基因组网站下载不了花生基因组数据，ensemble下载的信息又不全，咋整啊，老师?

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用GATK call 变异的时候，分染色体还是很慢，能不能增加线程或别的改进的方法。

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老师，我在做泛基因列表时，提取最长转录本都成功提取，但其中一个基因组一直无法提取cds，后来查看提取出的转录本格式一样，但有些内容可能与其他基因组不一样（下载数据时，这个基因组格式是gff3，其他为gff，提取最长转录本时我把他改为了gff），您那边是否可以帮忙修改这个基因组的gff文件，

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老师，在putty中如何操作；既可以做自己的数据，又不用删掉示例数据呢？我现在想上传自己的数据；是不是得把之前的demo和data都删掉；我怕内存不够；还是说内存足够，上传的时候传成data2呢

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如何合并两个单细胞测序中的两个子集？

  • Zzz 2025-04-26 22:41
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提取VCF 文件里的SNP

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老师您好，我手上有一个基因的基因序列，通过pfam知道了它属于哪个基因家族，但是没有找到有做过这个基因家族的生信基因家族分析鉴定的文章，请问这种情况下能做基因家族分析吗？该怎么进行呢？

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如何确保.fa和gff3文件的染色体编号一致？手动修改吗；以下是两个基因组的gff和fa