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在PAV分析绘制热图的时候，运行R脚本出现如下错误，请问怎么解决？这个aplot安装包安装也一直安装不了

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基于图形泛基因组文件call取sv的时候，运行命令nohup vg call new_index.giraffe.gbz -r new_index.snarls -k D23.pack -a -A -t 30 -s D23 > D23.vcf 2>call.o &，显示done，但生成的vcf文件里面没有变异位点，只有个头，如截图中所示。这种问题怎么解决呢？

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老师，您好！在变异结果注释ANNOVAR这部分里面，结果出现报错。如何解决？

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叶绿体比较基因组分析你好，我组装好的Fasta文件是一条一条的，课程里重复序列和多态性分析用的示例文件是总all.fasta,我需要怎么能整合起来，一条条好像也分析不成

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在全基因组选择育种课程中，所有需要预测的样本（在 pred_ID.csv 中列出的ID），必须已经存在于那个巨大的基因型文件 imputed_snp.raw 中，是否就意味着我只能预测现有群体的缺失部分？我需要预测新的群体，那这 pred_ID.csv文件该如何编写？

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泛基因家族分析，核心基因等数量统计

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转录组kegg富集,deg emsembl id不存在

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但我后面加了$之后它先是报错没有index目录，创建之后运行不报错但没有运行结果

  • xxx 2026-01-06 14:41
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docker 导入镜像

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泛基因家族分析做PAV绘图时，总共20个样本，每次绘图后就剩19个

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下图的文件是怎么得到的

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用iqtree对SNP构建系统进化树出现提示

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老师我已经把压缩包cat到一起并且更改了容器的名字为什么还是不行上一个问题的链接在这里因为无法在上个问题继续放上图片https://www.omicsclass.com/question/8300

  • Nier 2026-01-20 18:57
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重复序列分析

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老师下面这个问题怎么解决呀，我换一个物种他就可以完成，

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hmmsearch运行时异常终止

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微生物共现网络问题

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泛基因组

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想知道sh scriptdir/index.sh怎么创建才能用于索引建立，输入指令显示不存在

  • xxx 2026-01-06 10:38
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老师您好，基因家族鉴定的时候，要求使用 GA 阈值重新运行 hmmsearch 分析保守结构域。请问这个GA阈值是什么啊，应该怎么操作呢