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老师，我做PAV分析时，“提取物种间泛基因编号相同的基因为同一基因”，这一步时产生的“maize.PHYgene.pan-genes.list”，只有几个基因，其他文件都正常，这是怎么回事

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老师我这里练习之前上课的内容想复制粘贴整个目录，以及创建新的文件夹都显示这个请问应该怎么办呢

  • Nier 2025-09-30 11:07
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泛基因家族-结构分析

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转录组比对中，同源性很高的两个基因比对不正确

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泛基因家族分析-SV和表达量

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泛基因家族-PAV

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老师，我做泛基因家族鉴定时，06.SV_analysis最后得到的All.final.sv.out基因结构变异信息只有一条，请问哪里可能有问题

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使用eggnog对组装后的基因进行CAZy和EC酶的注释，一个序列会注释到多个正常吗？另外我还想问一下进行lda分析时，未注释到的功能或者基因应该删除吗

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老师您好，我在做物种间多线性分析时出现如下错误，希望您可以帮忙给看看，感谢！

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泛基因家族分析

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基因组过大，能不能分割基因组做重复序列注释

  • 2025-09-10 13:29
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Fst,pi, and ROD 分析

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老师docker压缩包能不能发一下，给我的文件里面没有

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老师，您好！全基因组选择，利用自己的SNP数据（芯片SNP）进行基因型数据处理，beagle.27Feb25.75f.jar处理完成后，得到的imputed_snp里面没有SNP标记信息。

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单倍型分析

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我的关注的头足类和其他贝类的进化关系，涉及5个头足类物种4个其他贝类，基因集这里基本上都包括这五个头足类物种了，是说明头足类物种进化出或者在这些富集基因多的通路上和其他贝类不同了吗？

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老师您好，我用orthofinder2跑出来的多序列比对文件总是空的，导致后面分析报错，这个该怎么解决呢老师。

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请问现在T2T的组装，还需要先除掉和细胞器DNA相关的reads再进行组装吗？组学大讲堂的课里面除掉了相关的reads。但是我看现在的论文，似乎都没有对细胞器的DNA进行单独的处理。

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泛基因家族SV分析-VCF文件