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错误：perl: warning: Please check that your locale settings: LANGUAGE = (unset), LC_ALL = (unset), LC_CTYPE = "UTF-8", LANG = "en_US.UTF-8"

计算机连接服务器并使用perl的时候，可能会报上述错误 这个时候，你需要在主机上的 ~/.bashrc 或 ~/.bash_profile 文件加上下面的参数， # Setting for the new UTF-8 terminal support in...

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  • xun
  • 发布于 2022-12-29 14:10
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linux清屏的几种方式

linux清屏的三种方式

根据GFF文件提取基因组中基因的蛋白，CDS，CDNA序列

https://github.com/TransDecoder/TransDecoder

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  • omicsgene
  • 发布于 2022-12-28 11:52
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将fasta序列多行变单行——使用 awk 或 seqkit 或 python

fasta序列多行变单行

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  • 星莓
  • 发布于 2022-12-26 16:03
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使用orthomcl分析同源基因时的 mysql数据库操作

使用orthomcl分析同源基因时的 mysql数据库操作

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  • 安生水
  • 发布于 2022-12-26 14:48
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win11/win10安装最新版本的docker

win11安装docker

BWA比对及Samtools提取mapped reads

筛选出能比对到参考序列的reads，形成新的fastq文件

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  • 星莓
  • 发布于 2022-12-20 14:27
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O2PLS-DA分析

两组学数据的正交偏最小二乘法判别分析（2-way orthogonal Partial Least Square with Discriminant Analysis ） O2PLS 模型用于两个数据组间的整合分析，包括系统生物学组学间关联、分子调控...

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  • rzx
  • 发布于 2022-12-19 14:20
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ggforestplot error: Error in assertAndRetrieveTidyValue(x, mean) : argument "x" is missing, with no default

使用ggforestplot绘制森林图时，有时候会报如标题所示的错误 实际上，这不一定是因为缺失参数，也有可能是因为加载了forestplot包，这两者的语法存在交叉，所以如果同时加载，就可能出现错误，...

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  • xun
  • 发布于 2022-12-19 13:42
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linux 常用的解压命令

linux 常用的解压命令

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'

使用conda时报上面的错，一般是因为路径错误 使用这个命令获取路径 conda info | grep -i 'base environment' 用得到的路径替换下面命令中的路径 source 路径/etc/profile.d/conda.sh 运...

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  • xun
  • 发布于 2022-12-19 11:20
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GenomicsDBImport 的多样本变异检测

GenomicsDBImport 的多样本变异检测

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  • 安生水
  • 发布于 2022-12-19 10:59
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ERROR 1290 (HY000): The MySQL server is running with the --skip-grant-tables 解决方法

ERROR 1290 (HY000): The MySQL server is running with the --skip-grant-tables 解决方法

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  • 安生水
  • 发布于 2022-12-12 14:49
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pfam数据库被合并之后，还有很多数据库可以进行结构域的查询

pfam数据库被合并之后，还有很多数据库可以进行结构域的查询

零假设与备择假设

零假设（null hypothesis），统计学术语，又称原假设，指进行统计检验时预先建立的假设，这个假设一般是未进行实验之前最保守和有意推翻的假设，而之后实验的目的一般是希望证明其假设错误。 零...

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  • rzx
  • 发布于 2022-12-09 15:23
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NCBI下载SRR并转换为fastq文件

想下载该篇文献中某一样品的fastq原始数据，看了一些下载教程，方法各异，看完思路还是不清晰，以下记录我的操作步骤，仅供参考

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  • 星莓
  • 发布于 2022-12-09 11:56
  • 阅读 ( 12947 )

repeatMasker 得到的out文件转换成gff文件，可以用bedtools对基因组进行重复区屏蔽

repeatMasker 得到的out文件转换成gff文件，可以用bedtools对基因组进行重复区屏蔽

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  • omicsgene
  • 发布于 2022-12-07 10:13
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pip报错

出现报错WARNING: Running pip as the 'root' user can result in broken permissions and conflicting behaviour with the system package manager. It is recommended to use a virtual envir...

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  • xun
  • 发布于 2022-12-05 16:42
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NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta，gff3，gtf，gb文件等

NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta，gff3，gtf，gb文件，以及获得细胞器基因组的全部基因名称

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  • 星莓
  • 发布于 2022-12-05 14:58
  • 阅读 ( 10928 )

mysql启动时报错：error while loading shared libraries: libncurses.so.5: cannot open shared object file

mysql启动时报错

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  • 安生水
  • 发布于 2022-12-05 14:14
  • 阅读 ( 2220 )