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30 TCGA中比如说我要下病例报告，slide，还有msi怎么下载?

  • 2020-03-03 09:41
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TCGAbiolinks下载“Copy Number Variation”在提取矩阵时报错（在下载miRNA和甲基化数据时也遇到这个问题）， expdat变量不是SummarizedExperiment这个类型，导致assay(expdat)不能提取，请问怎么解决

  • momo 2020-03-03 00:04
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请问老师用转录组分析得出的FPKM值做基因家族的基因表达量热图可以吗？

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KAKS格式转换

  • Li 2020-03-02 19:20
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请问老师TCGA不同的癌症可以一起分析吗？

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如何从已知的基因组里对特定通路上的基因进行筛选鉴定？

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关于entrezid问题

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我运行你在有道笔记中的GEO数据库分析遇到问题？

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你好，安装好Linux系统后，请问提取氨基酸序列的domain_xulie 的Perl脚本在哪里？

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老师，你好，安装好Linux系统后，请问提取氨基酸序列的domain_xulie 的Perl脚本在哪里？在script里没有找到该脚本。

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请问老师用McscanX做基因组内共线性分析，在准备family.ctl文件时，对染色体编号有撒要求没，我的染色体编号中还有chrA01,chrC01，以及chrA01_random,以及 chrAnn_random，我看有人说染色体编号只能有2个字母加数字，谢谢！

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$python2 -m jcvi.compara.catalog ortholog ath rapa --cscore=0.7这一步报错

  • 2020-03-02 12:33
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老师，做基因组内共共共线性分析出现这种错误的原因是撒原因？

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老师，我在做hummer搜索时，输入hmmsearch --domtblout ACTS_hmm_out.txt --cut_tc ACTS.hmm proteins.fasta后，

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3 请问在GEO中收到的比如肝癌的随便一篇文章的数据都能拿来分析自己的问题么？应该怎么选择用哪组数据

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5 老师您好，我想请问一下，通过分析找到的基因家族成员在NCBI上都是预测基因，继续分析没有问题吗

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基因家族分析已经确定是哪个家族之后，找不到pfam号该怎么办？

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请问 较为小众的物种，其gene symbol的查询

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保守结构域进化树

  • Li 2020-02-28 00:16
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老师您好，为什么我启动虚拟机的时候会显示如图这样的报错，该如何解决这个问题？谢谢