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plink做pca报错

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重测序var_density.R脚本报错

  • BJFU 2025-12-05 16:39
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让公司给构建好的图形泛基因组，只有vcf格式文件，要拿它作为参考去基于二代重测序的数据call snp,需要将vcf 文件转化成啥格式呢？转化后用什么软件去call snp 呢？

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重测序var_density.R脚本报错

  • BJFU 2025-12-05 16:42
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老师，您好！在变异结果注释ANNOVAR这部分里面，结果出现报错。如何解决？

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重测序过滤

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基于图形泛基因组文件call取sv的时候，运行命令nohup vg call new_index.giraffe.gbz -r new_index.snarls -k D23.pack -a -A -t 30 -s D23 > D23.vcf 2>call.o &，显示done，但生成的vcf文件里面没有变异位点，只有个头，如截图中所示。这种问题怎么解决呢？

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老师，我想把镜像复制到自己服务器上使用，使用的是singularity run reseq.sif，为何进入容器以后软件都用不了呢，是哪里出了问题？