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用GenotypeGVCFs合并不同种质的g.vcf文件

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老师，您好，我在运行gatk的HaplotypeCaller时主脚本通过 SLURM 调度系统提交作业，使用 GNU Parallel 并行处理多个样本并调用 HaplotypeCaller 脚本，目前运行了约六七个小时，我的工作日志.err和.out都为空这是正常的吗？

  • Geő 2025-05-14 17:06
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老师，合并后的VCF文件，现在有几品种不想要了，如何从总的VCF文件中删除这几个品种的数据

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老师您好，我在参考基因组比对的时候出现报错

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命令无法运行

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GATK 将VCF文件导入db出现问题

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老师您好，我的重测序数据在NCBI上按照（双端下载是这样：https://www.omicsclass.com/article/1703）这个教程下载的，但是在做数据质控的时候总是报错，以下是数据，您看看哪儿存在问题。

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老师您好，分析SNP和INDEL时报错，请解答。

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juice box调整hic挂载数据

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GATK 分染色体CALL变异之后怎样合并

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老师您好，我在参考基因组比对的时候，出现报错，请老师解答

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用R可视化snp分布的时候出现错误：WARNING: ignoring environment value of R_HOME Fatal error: cannot create 'R_TempDir'

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老师，您好！请问做全基因组选择（GS选择）之前，训练集和预测集的划分，有没有代码可以按照特定比例，随机快速实现材料的划分，并生成文件？（比如20%个体作为训练集，80%个体作为预测集；40%个体作为训练集，60%个体作为预测集；60%个体作为训练集，40%个体作为预测集；80%个体作为训练集，20%个体作为预测集，等等）

  • 2025-08-08 16:14
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tgsgapcloser 如何控制minimap占用的内存

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PSMC分析

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群体结构clean.vcf.gz转换成phy文件失败

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#保留蛋白编码基因

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合并CNV结果失败

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VCF文件按照指定的染色体排序

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请问有fastsimcoal使用相关的课程吗，或者类似功能的软件