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群体重测序, 进化树中如何添加外群?

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Picard sortsam排序

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GWAS课程镜像中如何用gapit做单年的表型数据的GWAS关联

  • Iron 2023-10-13 12:47
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群体结构中的最佳K值

  • 231 2023-10-13 09:52
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structure_plot.r 停止调用

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请问老师为何绘制snp密度图报错？

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参考基因组建立索引为什么生成的unknown—refGeneMrna.fa 和 unknown—refgene.txt 都是0K？

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在做hic挂载时，运行juicer时出现这三个问题，请问是什么原因以及该怎么解决呢？运行的命令是bash ../juicer/CPU/juicer.sh -d ~/data/hicassembly/hic -s MboI -t 48 -y genome_MboI.txt -z genome.fasta -p genome.chrom.sizes -D ../juicer/CPU

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HiC测序下机数据需要过滤吗？

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动植物比较基因组

1 解决

10 利用samtools将sam文件转化为bam文件时，sam文件报错

  • rzx 2023-10-11 15:33
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MYSQL做pasa_update的时候报错

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三倍体等多倍体怎么做比较基因组

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MYSQL报错

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遗传图谱构建中群体SNP检测与开发

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测序数据质控报告GC分布

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重复序列鉴定

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基因家族分析-数据准备

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请问老师，用比对后的bam文件进行call snp，bam文件中储存了比对的信息。假如样本mapping rate 值比较低在70左右，那么后续call snp的时候，需要把没有比对到基因组的reads提取出来过滤掉吗？还是说生成的bam文件储存的就是比对到基因组的这些序列？

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测序reads和参考基因组进行map,参考基因组的fna扩展名的文件和fa扩展名的文件一样吗？需要转换吗？