10 利用samtools将sam文件转化为bam文件时,sam文件报错

运行命令:

$samtools sort -@ 4 -O bam -o RNA.bam RNA.sam

报错:
[E::sam_hdr_create] Invalid header line: must start with @HD/@SQ/@RG/@PG/@CO
samtools sort: failed to read header from "RNA.sam"
RNA.sam文件行首:
attachments-2023-10-wyLnlUH06526503e173a8.png

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最佳答案 2023-10-13 10:44

是在上一步生成sam文件时出现问题。

命令:

minimap2 -ax map-ont RNAseq.min RNA.clean.fa.gz >RNA.sam

在这一步中使用的测序结果数据RNA.clean.fa.gz是fasta格式的,错误。应该是fastq格式的才可以

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  • rzx 提出于 2023-10-11 15:33

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