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怎么判断hmmer用不用二次搜索？二次搜索的意义是什么？

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Mapman非模式生物注释

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5 基因家族成员鉴定分析中，比如WORK基因：为什么要进行两次hmmer（一次WORKhmmer搜索，一次拟拟南芥hmmer搜索）搜索？意义是什么？还有就是第二次搜索出来的结果为什么还要手动检验一下？第二次搜出来的结果不就是有woKY结构域的才能被搜出来吗？（听了您基因家族分析的课，会操作点了，但不懂原理）

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老师，这个图正常吗，两个基因同一个motif

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在获取染色体的长度信息的时候samtools faidx一直运行不出来，是为什么？

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5 已获得某一动物组织的转录本，想从中比对其他物种相同的基因，有很多，如何用blast操作

  • Zsl 2021-04-07 11:27
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输入脚本后报错，python mcscan jcvi 共线性分析报错:ValueError: invalid literal for int() with base 10: ''

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老师，请问为什么粘贴到这显示不全呢？

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最后绘图的时候输入文件后报错，什么原因

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老师，白菜的family.ctl这个文件如何获得，

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我遇到了相同的问题，我用的就是组学大讲堂的biolinux，不知道怎么办，输入的脚本什么的都是正确的，不知道怎么解决

  • 2021-04-05 22:32
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老师，我在做共线行分析时，出现这种情况，该如何解决

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20 tbtools

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老师，请问我这个mscsan后出来的结果为什么是0呀？HV.gff和HV.blast文件截图大概内容是后面两个图。

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确定了基因与mRNA的对应关系之后，我的基因没有找到Pfam号，隐马尔科夫模型怎么下载，怎么搜索结构域

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您好老师，请问绘制circos绘出的图，只有这些，请问是怎么回事？

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老师请问您知道circos该修改config文件的哪个参数可以让背景全部显示呢？现在生成的png图片只显示了方框里的内容

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老师你看图片，输入脚本后一直显示图片中内容，用的就是组学大讲堂的biolinux

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老师，motif在输入脚本后一直显示下面图片信息，导不出图片，文件一直是空的

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Blast方法鉴定鉴定基因家族