5 circos 字体大小与比例问题

attachments-2021-11-rUigtKgO619f1f4c8eef3.png

attachments-2021-11-PCaZtCTd619f1f9ddbd00.png染色体的ID在图中无法展示全,我加了radius*=4000p的参数就变成第二个图,但是整体的字体缩小,看不清染色体的ID,无法一目了然,尤其是染色质刻度上。我在Circos官网上没找到,所以想问一下改哪个参数保证是第一张图的字体大小比例,还能展示全。不要像第二张图文字都包括,但字体小看不清刻度和染色体ID。

以下是第一张图的代码

chromosomes_units=1000000

chromosomes_reverse=/Ga[01]/

<ideogram>

    fill=yes

    label_font=default

    label_parallel=no

    #label_radius=dims(image,radius)-350p

    label_radius=dims(image,radius)-60p

    label_size=35

    radius=0.90r

    show_label=yes

    <spacing>

        default=0.005r

    </spacing>

    stroke_color=dgrey

    stroke_thickness=2p

    thickness=0.03r

</ideogram>

karyotype=/Users/823371123/Desktop/work/SBT/棉花基因家族分析/共线性分析/ghgrga/quan/chr.info.txt

<links>

    bezier_radius=0r

    bezier_radius_purity=0.75

    color=black

    crest=0.5

    <link>

        bezier_radius=0r

        bezier_radius_purity=0.75

        color=set2-8-qual-1

        crest=0.5

        file=/Users/823371123/Desktop/work/SBT/棉花基因家族分析/共线性分析/ghgrga/quan/SBTLickedRegion.tab.txt

        radius=0.88r

        #<rules>

            #<rule>

                #color=red

                #condition=var(intrachr)

            #</rule>

            #<rule>

                #color=red

                #condition=var(interchr)

            #</rule>

        #</rules>

        thickness=6

        z=20

    </link>


    radius=0.40r

    thickness=1

</links>

<plots>

    <plot>

        #color=set2-8-qual-2

        color=black

        file=/Users/823371123/Desktop/work/SBT/棉花基因家族分析/共线性分析/ghgrga/quan/textSBT.txt

        label_font=light

        link_color=black

        link_dims=0p,2p,5p,2p,2p

        link_thickness=2p

        label_snuggle=yes  

        r0=0.88r

        r1=0.99r

        rpadding=5p

        show_links=no

        type=text

    </plot>

    type=histogram

</plots>

show_tick_labels=yes

show_ticks=yes

spacing=10u

<ticks>

    color=black

    format=%d

    multiplier=1e-6

    radius=1r

    thickness=2p

    <tick>

        size=10p

        spacing=5u

    </tick>

    <tick>

        color=black

        format=%d

        label_offset=10p

        label_size=25p

        show_label=yes

        size=15p

        spacing=25u

        thickness=4p

    </tick>

</ticks>

<colors>

<<include etc/colors.conf>>

<<include etc/brewer.conf>>

#<<include etc/colors_fonts_patterns.conf>>

#<<include colors.ucsc.conf>>

#<<include colors.hsv.conf>>

</colors>


<fonts>

<<include etc/fonts.conf>>

</fonts>


<image>

<<include etc/image.conf>>

#radius*=4000p

</image>

<<include etc/housekeeping.conf>>


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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

这个没有测试过,你可以看看circos的官网,学习参数的设置:http://circos.ca/documentation/tutorials/

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  • [玺] 提出于 2021-11-25 13:36

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